圖們海關是受長春海關直接領導，按授權負責指定口岸範圍內海關各類管理工作的執行機構。機構規格為正處級，機構類型為口岸型。
主要職責,內設機構,
主要職責
主要負責黨的基層組織建設和幹部隊伍建設；辦理具體海關業務，反饋執法作業結果；完成長春海關交辦的其他工作。
劃入原吉林出入境檢驗檢疫局圖們辦事處的管理職責和隊伍。
管轄範圍為：負責圖們市、龍井市行政區劃內的口岸相關海關業務。
內設機構
圖們海關設下列14個正科級內設機構：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合業務科、監管科、風險監控科、圖們口岸監管科、圖們口岸旅檢科、開山屯口岸綜合業務科、開山屯口岸監管科、開山屯口岸旅檢科、三合口岸綜合業務科、三合口岸監管科、三合口岸旅檢科、鐵路口岸監管科。
