該稽核部負責內部審計工作。中國銀行澳門分行的前身是澳門南通銀行，成立於1950年1月1日，澳門南通銀行更名為中國銀行澳門分行，仍設稽核部。稽核部向澳門分行總經理及中國銀行澳門管理處稽核部負責，主要是協助分行的領導層進行管理，但不直接參與各項具體業務經營管理，以超脫的地位行使稽核監督職權，對各部門進行客觀、公正地檢查和評估，並作出評價，提出建議。稽核部的主要任務是，檢查各單位對規章制度的執行情況，評價各種規章制度是否健全及是否適應業務工作的需要、在工作處理上是否得當，並提出改進意見和建議，將有關稽核情況向分行總經理、港澳管理處稽核部報告，以便管理層採取措施，堵塞漏洞，健全各項規章制度，改進經營管理，促進經營穩健發展。
