為進一步提高大熊貓野外研究的水平，經國家林業局批准，2004年4月26日，中國科學院動物研究所與佛坪國家級自然保護區合作建立"秦嶺大熊貓野外研究基地"，聯合開展秦嶺地區野外大熊貓的研究工作。
佛坪自然保護區於1978年經國務院批准成立，總面積29240公頃，保護區內近百年來少有人為破壞，植被保持自然完整，生物多樣性極其豐富。根據歷年開展的大熊貓調查，區內野生大熊貓種群數量約占整個秦嶺地區大熊貓數量的35%，熊貓密度大，可遇見率高，在這裡進行大熊貓野外研究具有的獨特優勢。
中國科學院動物研究所秦嶺大熊貓野外研究基地的核心部分位於保護區內的三官廟保護站，生活在該保護站管轄區域內的二十餘只野生大熊貓是基地研究人員的主要研究對象。
中國科學院動物研究所秦嶺大熊貓野外研究基地成立了"管理委員會"和"學術委員會"，並邀請國內相關領域的科研工作者加盟，共同開展秦嶺大熊貓野生態學及保護生物學的研究。
