土壤是一個國家最重要的自然資源，它是農業發展的物質基礎。 中國土壤資料庫以自主著作權為主的權威性公開出版物,若干由南京土壤所主持研究項目獲取的數據以及中國生態系統研究網路陸地生態站部分監測數據為數據來源。中國土壤資料庫分為11個子庫,包括：
中國土種數據子庫 基於全國第二次土壤普查數據的兩千多個土種典型剖面和統計剖面調查數據，並建立地點與土壤分類與土種關聯關係，可按地點和土壤分類進行查詢檢索。
中國土壤專題圖子庫 根據全國土壤普查數據匯總得到64幅1：100萬土壤圖，建立了1:100萬土壤空間資料庫，可以檢索我國主要土壤類型分布、面積、土壤分類名稱和典型剖面。通過建立點面結合與擴展模型，生成5個土壤專題數據集。數據類型為圖像型或矢量型數據。
養分循環長期試驗資料庫 中國科學院從90年代起，以中國生態系統研究網路農業台站為平台，進行農田生態系統養分循環長期試驗的聯網研究。本資料庫收集了該研究的部分成果和數據。
農田土壤環境現狀資料庫 包含了2005年中國主要農田生態系統土壤環境現狀數據，數據覆蓋我國東北黑土、棕壤、潮土、風沙土、褐土、水稻土、紅壤、黃綿土、黑壚土、紫色土、灰漠土等主要土壤類型。
中國主要農田生態系統土壤養分現狀數據子庫 近年來主要農田生態系統監測站點的土壤大量元素、中量和微量元素含量現狀、土壤顆粒組成和容重數據。
第二次土壤普查農田肥力數據子庫 基於第二次土壤普查數據提取的主要性狀、土地利用、障礙因子、生產性能和耕層養分數據，可為土壤質量動態演變和科學施肥提供數據依據。
第一次土壤普查農田肥力數據子庫 數據來源於農業部土壤普查辦公室《中國農業土壤志》（內部資料）。自1958年開始，1964年結束。受到當時條件局限，土壤分類和命名主要依據易被農民民眾了解的土壤名稱，土壤性狀多為文字描述，是了解農田土壤肥力演變過程的珍貴歷史資料。
土壤分類資料庫 包括中國土壤系統分類和發生分類的土綱、亞綱、土類、亞類以及對應的典型剖面數據。
參比土壤剖面資料庫 參照FAO土壤分類和美國土壤系統分類(ST)，選擇我國典型土壤類型進行參比。本資料庫描述了參比土壤剖面的主要生境、形態和理化性質，供與國際主流土壤分類系統參比使用。
土壤標本資料庫 本資料庫收集了南京土壤所和CERN若干野外台站的整段標本、生境信息和理化分析數據，對CERN野外台站土壤進行了中國土壤系統分類（CST）分類的劃分研究，促進土壤長期監測數據的共享與國際交流。
土壤樣品資料庫 長期保存的土壤樣品是長期生態學研究的寶貴財富.這些樣品可以在較長時間尺度記錄環境變化信息。土壤樣品資料庫提供了中國生態系統研究網路相關台站長期採樣地可提供共享的土壤樣品信息.
