在大腸桿菌中發現的第二種I型酶對細胞發育是非必須的,TopoⅢ可以在複製過程中緊密質粒,並利用單鏈區域來分離複製分子。TopoⅢ突變在沿DNA序列短重複處加速小的染色體缺失,這種酶包存在真核生物,一個相同的缺失型在啤酒酵母中也觀察到。