基本介紹
- 外文名：Stefan Gruenewald
- 所系名稱：生命科學研究院計算生物學研究所
- 專業名稱：計算生物學
- 技術職務：研究員
個人簡介,相關套用,個人經歷,
個人簡介
姓名 Stefan Gruenewald
所系名稱 上海生命科學研究院計算生物學研究所
性別 男
專業名稱 計算生物學
技術職務 研究員
相關套用
組合學在系統發生學中的套用
研究工作 研究領域為組合學和圖論以及它們在分子生物學中的套用。前者包括純數學理論的證明以及新的計算方法的開發和驗證；後者則需要與生物學家和計算機科學家的密切合作。目前致力於系統相容性問題和生物進化網路的研究。
系統發生樹（phylogenetic trees）的相容性：
在系統發生學中需要重建物種之間的進化關係。基於DNA序列，人們發展了許多方法構建生物進化樹（evolutionary tree）。然而，多數方法都存在計算困難的缺陷，並且許多數據含有衝突的信息。比如說會出現這種情況，在各自並不相等的分類單位（taxa）的基礎上構建的若干個系統發生樹出現了重疊（overlapping）。那么一個很自然的問題是，是否存在一個“超樹”（supertree），代表了這些集合的並集，並且包含所有輸入樹的信息？如果回答是肯定的，那么這些輸入樹被稱為是相容的（compatible）；如果這個超樹是唯一的，那么我們可以認為這些輸入樹定義了該超樹。系統發生樹的相容性是一個NP完整性（ NP-complete）問題，對這個問題人們已進行了許多研究工作，但仍有一些問題有待解決，例如，確定在給出的一個系統發生樹的集合上是否存在著一個超樹。
格線進化與進化網路（Reticulate Evolution and Phylogenetic Networks）
有些情況下生物數據不能夠由一個進化樹表示出來,可能確實存在一個樹表示這些數據，但由於數據中存在著的噪聲，以致於這個樹不能被充分地構建出來。另外，還有可能發生格線事件，如基因重組或水平基因傳遞都有可能出現。對於這兩種情況，進化網路是描述這些數據信息的有力工具。目前有兩種方法構建進化網路——分裂圖（splits graphs）和非循環有向圖（acyclic directed graphs）。無根系統發生樹（unrooted phylogenetic trees）可以用它的分類單位集合的二部分裂（bipartitions）以及相應的邊來描述。然而，並非所有的劈裂集都對應一個樹，一般的分裂集只能由分裂圖描述。有根（rooted）進化樹可推廣為無環有向圖。與分裂圖不同的是，非循環有向圖的內部節點可解釋為某些物種的共同祖先。
Stefan Grunewald 致力於研究以上兩種進化網路的構建方法，並試圖解決一些理論問題，例如，基於數據構建進化網路的可行性以及基於小單元（如三元樹（triplet），四元樹（quartet），小進化網路等）構建進化網路的可行性。
個人經歷
1994年1月德國比勒菲爾德大學數學係數學學士
1998年3月德國比勒菲爾德大學數學係數學碩士
2001年2月德國比勒菲爾德大學數學係數學博士
2001年4月—2001年10月 比勒菲爾德大學“分析複雜生物資料”研究所博士後
2001年11月到2003年3月 比勒菲爾德大學數學系博士後
2003年4月到2005年8月 瑞典馬普薩拉林奈大學分析複雜生物資料學科研究中心和紐西蘭坎特伯雷大學科研工作者。
2005年9月到現在 中國科學院—馬普學會計算生物學夥伴研究所研究員
