STMS(Sequence-tagged microsatellites)：通常又稱為SSR，也可稱為SSRP(Simple Sequence Repeat Polymorphisms)
基本原理和特點：
引物根據與微衛星重複序列兩翼的特定短序列設計，用來擴增重複序列本身。由於重複的長度變化極大，所以這是檢測多態性的一種有效方法。其特點包括：一般檢測到的是一個單一的多等位基因位點；共顯性遺傳，故可鑑別雜合子和純合子；得到的結果重複性很高。為了提高分辨力，通常使用聚丙烯醯胺凝膠電泳，它可檢測出單拷貝差異。也可以在同一個反應試管中把PCR反應與不同的STMS引物結合起來（稱為multiplexing），這可節省時間，但是，這只能在不同引物的產物在大小上不重疊的情況下才能使用。很顯然，使用STMS技術的前提是需要知道重複序列兩翼的DNA序列的信息，這一方面可以在其它種的DNA資料庫中查詢，否則就必須先建立含有微衛星的基因組文庫，再從中篩選可用的克隆，進行測序，然後設計合適的引物。
STMS的發展和相近的分子標記種類：
1. 把與SSR互補的寡核苷酸作為多位點RFLP技術中的探針
2. 把與SSR互補的寡核苷酸作為PCR引物（可單獨作引物或與隨機引物配合使用），擴增的是基因組DNA的特定片段：即MP-PCR和RAMPs
3. 用標記的SSR探針與RAPD擴增片段雜交：即RAMPO或稱為RAHM或RAMS
4. 用5′或3′端加錨的SSR作引物：即ISSR。
