RNA-Seq策略探索福氏志賀氏菌體內外表達譜差異

《RNA-Seq策略探索福氏志賀氏菌體內外表達譜差異》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，由王恆樑擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：RNA-Seq策略探索福氏志賀氏菌體內外表達譜差異
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：王恆樑
• 依託單位：中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院

中文摘要

痢疾是由志賀氏菌引起的嚴重腸道傳染病，在今後相當長時間內仍將是傳染病防治工作中的重點。本項目計畫擬通過以Solexa測序方法為基礎的轉錄表達譜研究（RNA-Seq），獲得志賀氏菌在體內（兔腸結紮）/體外環境中的差異表達基因。對比轉錄組結果與蛋白質組學結果，選取相關的差異表達基因 或ncRNA（特別是位於毒力大質粒上的）作為研究目標，構建一系列基因缺失突變株。利用不同的毒力評價模型（豚鼠角膜、HeLa細胞侵襲及小鼠肺部侵襲等）評價突變株的毒力強弱，以期發現新的毒力相關基因或ncRNA，初步探究志賀氏菌與宿主相互作用過程中的基因調控機制，同時能為其他病原微生物的相關研究提供借鑑．

結題摘要

福氏志賀氏菌能夠造成人類腹瀉，是開發中國家的一個重大公共衛生問題。本研究利用兔迴腸結紮模型，對福氏志賀氏菌在動物腸道內的轉錄組和蛋白質組的變化進行了分析。體內和體外樣品RNA-seq實驗結果對比表明，19個基因的轉錄水平發生了巨大變化，其中10個基因轉錄水平升高。同時，比較蛋白質組學研究也發現了6個差異表達蛋白。但RNA-seq和蛋白質組學的結果吻合度不好。其原因可能是這兩種技術的靶標存在差異。即，轉錄調節蛋白很容易被RNA-seq檢測到，而蛋白質組學更容易檢測到那些高豐度的效應蛋白。除了上面的研究結果，本研究也提供了一個技術細節：RNA-seq分析的目標為細菌，尤其是那些具有許多可移動遺傳元件的細菌時，由於細菌核糖體rRNA去除效率明顯低於真核細胞，需要收集更大量的測序數據。