《R語言在海洋漁業中的套用》是2015年4月海洋出版社出版書籍，作者是官文江.
基本介紹
- 中文名：R語言在海洋漁業中的套用
- 作者：官文江
- 出版時間：2015年04月28日
- 出版社：海洋出版社
- 頁數：292 頁
- ISBN：978-7-5027-9121-6
- 裝幀：平裝
目錄,內容簡介,
目錄
第1章 R語言基礎
1.1 R語言簡介
1.1.1 R語言的開發歷史
1.1.2 R語言的特色與功能
1.2 R語言的安裝
1.2.1 R軟體的安裝
1.2.2 R軟體包的安裝
1.3 R軟體包的使用與引用
1.3.1 軟體包的載入、卸載與刪除
1.3.2 R或相關軟體包的引用
1.4 R使用簡介
1.4.1 R的界面設定
1.4.2 R會話
1.4.3 當前工作目錄
1.4.4 R命令
1.4.5 命名字元集
1.4.6 命令行的重複輸入
1.4.7 R命令行的注釋
1.4.8 保存先前命令產生的結果及變數的保存
1.4.9 獲取幫助
1.4.10 R中對象的查找
1.4.11 獲取和設定環境變數
1.5 R代碼的編輯
1.6 R運行環境的定製
1.6.1 通過檔案定製R環境
1.6.2 通過定義.First（）函式與.Last（）函式定製R環境
1.6.3 通過自定義普通函式執行初始化
第2章 R的數據
2.1 R的數據類型
2.1.1 數值型（numeric）
2.1.2 字元型（character）
2.1.3 複數型（complex）
2.1.4 邏輯型（logical）
2.2 R中的數據組織方式
2.2.1 向量
2.2.2 純量
2.2.3 數組
2.2.4 數據框
2.2.5 列表
2.2.6 時間系列數據
2.2.7 因子
2.3 數據類型的判斷與強制轉換
2.3.1 數據類型的判斷
2.3.2 數據類型的強制轉換
2.4 數據的運算
2.4.1 數學運算
2.4.2 比較運算與邏輯運算
2.4.3 數據的操作函式
2.5 R中的對象
2.6 數據的輸入與輸出
2.6.1 數據的輸入
2.6.2 其他格式檔案的輸入
2.6.3 數據的輸出
2.6.4 R中的數據集
2.6.5 其他統計軟體數據的讀取
2.7 數據的編輯
2.7.1 數據編輯方法
2.7.2 數據的融合
第3章 R的圖形繪製
3.1 圖形設備
3.1.1 顯示器圖形設備
3.1.2 檔案設備
3.1.3 印表機設備
3.2 繪圖區域與坐標系統
3.2.1 設備區域
3.2.2 圖形區域設定
3.2.3 坐標系統
3.3 高級繪圖函式
3.3.1 簡單的圖形繪製
3.3.2 顏色繪製
3.3.3 文本字元
3.3.4 坐標軸
3.3.5 線
3.3.6 符號
3.4 其他高級繪圖函式
3.4.1 直方圖
3.4.2 柱狀圖
3.4.3 箱線圖
3.4.4 餅圖
3.4.5 QQ繪製
3.4.6 條件繪製
3.4.7 散點陣列圖
3.4.8 地圖繪製
3.4.9 點陣圖數據的顯示
3.5 低級繪圖函式
3.5.1 添加圖元
3.5.2 圖形工具函式
3.5.3 圖形邊緣標註與圖例繪製
3.5.4 軸繪製
3.6 圖形疊加繪製
3.7 互動式圖形函式
第4章 機率分布
4.1 單變數連續分布
4.1.1 單變數常態分配
4.1.2 對數常態分配
4.1.3 Gaamma類分布函式
4.1.4 Beta類分布
4.2 單變數離散分布
4.2.1 二項分布
4.2.2 泊松分布
4.2.3 負二項分布
4.3 經驗分布及隨機採樣
4.3.1 經驗分布
4.3.2 基於樣本的隨機數
4.3.3 一個隨機測試的例子
第5章 程式控制結構與函式
5.1 表達式
5.1.1 簡單表達式
5.1.2 複合表達式
5.2 R的控制結構
5.2.1 分支結構
5.2.2 循環結構
5.3 函式
5.3.1 函式的定義
5.3.2 函式的參數
5.3.3 作用域
5.3.4 返回函式的函式
5.3.5 函式的編輯
5.3.6 程式調試
第6章 漁業模型及參數估計
6.1 漁業模型
6.1.1 模型的概念
6.1.2 漁業模型及假設
6.1.3 參數估計與模型選擇的不確定性
6.2 模型參數的估計方法
6.2.1 最小二乘法估計
6.2.2 最大似然估計
6.2.3 貝葉斯參數估計
第7章 計算機模擬計算方法
7.1 隨機檢驗
7.2 Jackknife方法
7.3 Bootstrap方法
7.3.1 一般Bootstrap方法
7.3.2 平衡Bootstrap方法
7.4 蒙特卡洛模擬
第8章 魚類的生長
8.1 魚類生長的數學模型
8.1.1 體長與體重關係模型
8.1.2 年齡與體長、體重的關係
8.2 參數估計
8.2.1 年齡與體長數據下的參數估計
8.2.2 對於標誌放流類數據
8.2.3 其他生長方程的擬合
8.3 生長方程模型的選擇與比較
8.3.1 生長方程模型的選擇
8.3.2 生長方程模型的比較
第9章 親體與補充量關係模型
9.1 繁殖模型
9.1.1 B-H模型
9.1.2 Ricker模型
9.1.3 Deriso-Schnute模型
9.1.4 環境因素在繁殖模型中的作用
9.1.5 繁殖模型的誤差結構
9.2 參數估計
9.2.1 產卵生物量沒有測量誤差時的參數估計
9.2.2 產卵生物量存在測量誤差時的參數估計
9.2.3 存在自相關性
9.2.4 基於貝葉斯的參數估計
第10章 世代動態模型
10.1 魚類的死亡與世代數量的變化
10.2 單位補充量漁獲尾數與產量
10.3 單位補充量產量模型的套用
10.3.1 計算不同F及開捕年齡下的單位補充量產量
10.3.2 等漁獲量曲線圖
10.3.3 F0.1與Fmax
第11章 單位捕撈努力量漁獲量
11.1 基本概念
11.1.1 捕撈努力量
11.1.2 單位捕撈努力量漁獲量（CPUE）
11.1.3 CPUE與資源量的關係
11.1.4 CPUE與子區域CPUE的關係
11.1.5 CPUE的標準化
11.2 CPUE標準化模型與模型選擇
11.2.1 CPUE標準化模型
11.2.2 模型的選擇
11.3 CPUE標準化中需注意的問題與展望
11.3.1 捕撈量為零數據的處理
11.3.2 互動效應的處理
11.3.3 捕撈努力量的空間分布對CPUE標準化的影響
11.3.4 數據尺度對CPUE標準化的影響
11.3.5 多魚種漁業的cPuE標準化
11.3.6 未來展望
11.4 CPUE標準化的例子
11.4.1 GLM模型對CPUE的標準化
11.4.2 貝葉斯方法對CPUE的標準化
11.4.3 GAM對CPUE進行標準化
11.4.4 一般線性混合模型對CPUE的標準化
11.4.5 廣義估計方程對CPUE的標準化
第12章 生物量動態模型
12.1 漁業資源評估模型的基本結構
12.2 生物量動態模型的種群動態
12.2.1 種群生物量動態模型
12.2.2 Schaefer生物量動態模型
12.3 生物量動態模型的參數估計
12.3.1 回歸方法
12.3.2 時間系列方法
12.3.3 Bootstrap方法估計參數的置信區間
12.3.4 貝葉斯方法
12.4 投影與風險分析
12.5 r的先驗設定
參考文獻
內容簡介
隨著計算機計算能力的提高及相關軟體工具的出現如：EXCEL、R、WinBugs及ADMB等，漁業資源評估理論與方法也得到了快速的發展。因此，目前國內現有教材的模型假設與參數估計方法等可能不再合適，如：在R下，單位捕撈量漁獲量的積分計算非常簡單，無需為了簡化計算而假設勻速生長；當前，參數估計更強調模型假設，觀測變數的誤差來源、性質及參數估計的不確定性，而不僅僅關注參數估計本身；許多計算密集性的方法(如模特卡羅方法、Bootstrap方法等)得以在漁業資源評估與管理中廣泛套用，從而使漁業資源評估與管理中的不確定性分析及風險分析日益受到重視，漁業資源管理策略評價(ManagementStrategyEvaluation：MSE)成為當前漁業資源評估研究的重要內容。因此，有必要在全新的計算環境下，重新介紹漁業資源評估相關的理論與方法。
