單鏈DNA在中性條件下，由於鹼基配對等分子內相互作用而具有複雜的摺疊構象，在聚丙烯醯胺凝膠電泳中，其遷移率除與長度有關外，還與其構象有關。DNA 的突變造成DNA片段中鹼基序列不同，變性為單鏈後在中性聚丙烯醯胺凝膠中的構象不同於單鏈構象多態性(single strand conformation polymorphism,SSCP)，利用遷移率的差別可使各種序列不同的單鏈得以分離。
PCR-SSCP 的步驟為: PCR 擴增一產物熱變性成單鏈一非變性PAGE一顯示(放射自顯影或銀染等)PCRSSCP 是檢測點突變的簡便而靈敏的方法，已用於多種遺傳病、腫瘤中原癌基因和抑癌基因的突變分析，對小於200bp 的片段其靈敏度較好，靶序列增長時其靈敏度下降(一般175~ 345nt)。
