PAUP*是一款用於構建進化樹（系統發育樹）及進行相關檢驗的軟體。
基本介紹
- 中文名：PAUP*
- 外文名：Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)
- 類別：檢驗軟體
- 包括：眾多分子進化模型和方法
關於PAUP*,開發者,開發史,Nexus檔案格式,運行環境,
關於PAUP*
PAUP*：Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)
該軟體主要用於進化生物學研究，也可用於保護生物學、生態學和法醫學研究。截至目前，PAUP是套用最廣泛的系統發育分析軟體。
開發者
David L. Swofford
Professor
Department of Biological Science,
Florida State University,
Tallahassee, FL 32306
開發史
截至2008.12月，最新版本為：4.0 Beta 10 。
該軟體最初的版本叫PAUP（Phylogenetic Analysis Using Parsimony），主要是套用簡約法進行系統發育分析。
Swofford, D.L. 1991. PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony, Macintosh Version3.0r, Computer program.
2001年，Swofford 教授推出整合了最大似然法（maximum likelihood）和距離法（distance-based methods）的PAUP* 4.0；並於2002年推出光碟版的4.0 Beta。
Swofford, D. L. 2001. PAUP* . Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
Swofford, D.L. 2002. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Sinauer Associates, Sunderland MA. (Program)
Nexus檔案格式
PAUP*軟體要求輸入的數據檔案為NEXUS檔案，有其特定的格式要求，要注意的包括：#的使用 、分號的使用、數據類型的界定、end的使用等。示例如下：
---------------------------------------------------------------------------------
#nexus
begin data;
dimensions ntax=4 nchar=60;
format datatype=dna interleave=yes gap=- missing=?;
matrix
A11 ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGATGCAACATCACCAATCATAGAAGAACTA
A22 ATGGCACACCCAACGCAACTAGGTTTCAAGGACGCGGCCATACCCGTTATAGAGGAACTT
A33 ATGGCCAACCACTCCCAACTAGGCTTTCAAGACGCCTCATCCCCCATCATAGAAGAGCTC
A44 ATGGCACATGCAGCGCAAGTAGGTCTACAAGACGCTACTTCCCCTATCATAGAAGAGCTT
;
end;
-------------------------------------------------------------------------
運行環境
PAUP*可以在Macintosh、Windows、UNIX / VMS、DOS環境下運行。
Windows系統要求：
Windows 95、98、ME、NT、2000、XP、Vista.
最少4 M RAM（分析大的數據集需要更多的存儲空間）
最少2 M 硬碟空間
