II型反式激活蛋白是一種反式作用因子,通過和特定轉錄因子結合而參與啟動HLAII類基因轉錄。CIITA基因缺陷使II類分子表達受阻,可導致裸淋巴細胞綜合徵。真核生物轉錄起始十分複雜,往往需要多種蛋白因子的協助,轉錄因子與RNA聚合酶Ⅱ形成轉錄起始複合體,共同參與轉錄起始的過程。
根據轉錄因子的作用特點可分為二類;第一類為普遍轉錄因子它們與RNA聚合酶Ⅱ共同組成轉錄起始複合體時,轉錄才能在正確的位置開始。除TFⅡD以外,還發現TFⅡA,TFⅡB,TFⅡF,TFⅡE,TFⅡH等,它們在轉錄起始複合體組裝的不同階段起作用。第二類轉錄因子為組織細胞特異性轉錄因子,這些TF是在特異的組織細胞或是受到一些類固醇激素\生長因子或其它刺激後,開始表達某些特異蛋白質分子時,才需要的一類轉錄因子。