FPKM是一個專業名詞。
RPKM,Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads, is defined in thisway [Mortazavi etal., 2008]:
每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個鹼基上的reads個數。
假如有1百萬個reads映射到了人的基因組上，那么具體到每個外顯子呢，有多少映射上了呢，而外顯子的長度不一，那么每1K個鹼基上又有多少reads映射上了呢，這大概就是這個RPKM的直觀解釋。
舉例：比如對應到該基因的read有1000個，總reads個數有100萬，而該基因的外顯子總長為5kb，那么它的FPKM為：10^9*1000(reads個數)/10^6(總reads個數)*5000(外顯子長度)=200或者：1000(reads個數)/1(百萬)*5(K)=200這個值反映基因的表達水平。
FPKM與RPKM計算方法基本一致。公式如下：
不同點就是FPKM計算的是片段（fragments），而RPKM計算的是數據（reads）。Fragment比read的含義更廣，因此FPKM包含的意義也更廣，可以是pair-end的一個fragment，也可以是一個read。FPKM和RPKM RPKM代表每千個鹼基的轉錄每百萬映射讀取讀取。 FPKM代表每千個鹼基的轉錄每百萬映射讀取的碎片。
