FASTA

FASTA程式是第一個廣泛使用的資料庫相似性搜尋程式。

程式引用取代矩陣實行局部比對以獲得最佳搜尋。但眾所周知，使用這種策略會非常耗費工作時，為了提高速度，在實施耗時的最佳搜尋之前，程式使用已知的字串檢索出可能的匹配。在速度和敏感度之間權衡選擇依賴於ktup參數。它決定了字串的大小。增大ktup參數就會減少字串命中的數目，也就會減少所需要的最佳搜尋的數目和搜尋的速度。

從2.0版本開始，FASTA對每一個檢索的比對都提供一個統計學顯著性的評估。