DDBJ(DNA Data Bank of Japan),於1984年建立,是世界三大DNA 資料庫之一,與NCBI的GenBank,EMBL的EBI資料庫共同組成國際DNA資料庫,每日都 交換更新數據和信息,並主持兩個國際年會-國際DNA資料庫諮詢會議和國際DNA數據 庫協作會議,互相交換信息,因此三個庫的數據實際上是相同的。
基本介紹
- 中文名:日本DNA資料庫
- 外文名:DDBJ DNA Data Bank of Japan
- 世界地位:世界三大DNA 資料庫之一
- 創立時間:1984年
基本信息,方向,
基本信息
DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息並賦予其數據存取號,信息來源主要是日本的研究機構,亦接受其他國家呈遞的序列,資料庫通過WWW環球網,匿名FTP,e-mail或Gopher方式為廣大研究人員服務。
方向
他們開發了SQmateh工具,用來搜尋基因或蛋白質中短的鹼基或胺基酸序列區域,並建立了簡便且易操作的SOAP(simple object aeeess protoco1)伺服器。它的數據主要通過Sakura和MST工具來完成。與NCBI,EBM共同構成DNA三大資料庫,這三大數據中心各自收集序列數據,並通過網路每天進行數據交換。近來三大資料庫合作的項目主要包括TPA(tird pannotation)、CON(struct)或CON(tig)和XML數據交換格式的建立。TPA是一種基於已有資料庫中的核酸序列產生的注釋數據,它的格式與傳統的GenBank一樣,只是包含了“TPA”標籤。CON(struct)或CON(tig)用於存儲一些片段的拼接信息,這些片段是序列長度大於350 000 bp的核酸被分割而產生的,但這種長度限制在2004年6月就被取消。