CpG雙核苷酸在人類基因組中的分布很不均一，而在基因組的某些區段，CpG保持或高於正常機率。CpG部主要位於基因的啟動子(promotor)和外顯子區域，是富含CpG二核苷酸的一些區域，長度為300-3000bp。這裡CpG是胞嘧啶(C)-磷酸(p)-鳥嘌呤(G)的縮寫。
CpG部主要位於基因的啟動子(promotor)和第一外顯子區域，約有60%以上基因的啟動子含有CpG部。CpG部的GC含量大於50%，長度超過200bp。許多基因，尤其是管家基因的啟動子區，其中通常存在一些富含雙核苷酸"CG"的區域研究鹼基G和C在整個基因組內的含量和分布有十分重要的意義。例如在人類基因組內，GC的含量大約為40%;這些GC並不是平均分布在基因組內，在某些DNA片段上其含量可高達60%以上，而在另一些區域則只有33%左右。這種GC含量的差別，在基因表達的調控和基因突變上都可能扮演著重要的角色。
