5‘或3’端競爭性剪接

5‘或3’端競爭性剪接是由於在同一個內含子內部的3'端存在5'端競爭性位點，相應的，也可能是5'端存在3'端位點。離內含子另一端較近的競爭性位點稱為近端剪接位點（the proximal splice site）, 而較遠的競爭性位點則稱為遠端剪接位點（the distal splice site）。

選擇近端剪接位點還是遠端剪接位點，將導致生成不同的mRNA，這兩種mRNA的區別就在於是否含有這兩個位點間的鹼基序列。就像第一種情況一樣，這種剪接方式也會產生開關效應或者產生兩種不同的蛋白質。