1978年11月12日,陳雲在東北組發言,提出6條意見:肯定四五運動的正義性質;彭德懷對黨貢獻很大,骨灰應放到八寶山革命公墓;要為薄一波等所謂“六十一人叛徒集團案”平反;要為陶鑄、王鶴壽的“叛徒”案件平反;要揭批康生;“文化大革命”期間成立的中央特偵組應該結束。胡耀邦、萬里、聶榮臻發言贊同陳雲的意見。譚震林等提出為“二月逆流”、“右傾翻案風”等案平反。會議還對華國鋒提出和堅持的“兩個凡是”的錯誤方針、兩年來領導工作中的失誤等問題提出了中肯的批評,就發揮黨的優良作風,提出了建議。
1978年11月25日,華國鋒代表中央政治局宣布,決定對“文化大革命”期間發生的幾個重大案件,如四五運動、“批鄧”、“反擊右傾翻案風”、“二月逆流”、薄一波等“六十一人叛徒集團案”以及彭德懷、陶鑄、楊尚昆等人的問題徹底平反,並撤銷有關材料;決定對康生、謝富治進行審查。
1978年12月13日,鄧小平在閉幕會上作了題為《解放思想,實事求是,團結一致向前看》的重要講話。他指出,解放思想是當前一個重大的政治問題。民主是解放思想的必要條件。處理歷史遺留問題是為了順利實現全黨工作重心的轉變,是為了向前看。要善於學習,要研究新問題。這個講話,實際上為即將召開的十一屆三中全會的基本指導思想。
這次中央工作會議,為十一屆三中全會的召開作了充分的準備。