16SrDNA鑑定

16SrDNA鑑定

16SrDNA鑑定是指用利用細菌16SrDNA序列測序的方法對細菌進行種屬鑑定。包括細菌基因組DNA提取、16SrDNA特異引物PCR擴增、擴增產物純化、DNA測序、序列比對等步驟。是一種快速獲得細菌種屬信息的方法。英文名稱是16S ribosomal DNA identification,套用有細菌種屬鑑定。

細菌rRNA核糖體RNA)按沉降係數分為3種,分別為5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是細菌染色體上編碼16S rRNA相對應的DNA序列,存在於所有細菌染色體基因中。

16S rDNA是細菌的系統分類研究中最有用的和最常用的分子鐘,其種類少,含量大(約占細菌RNA含量的80%),分子大小適中,存在於所有的生物中,其進化具有良好的時鐘性質,在結構與功能上具有高度的保守性,素有“細菌化石”之稱。在大多數原核生物rDNA都具有多個拷貝,5S、16S、23S rDNA的拷貝數相同。16S rDNA由於大小適中,約1.5Kb左右,既能體現不同菌屬之間的差異,又能利用測序技術較容易地得到其序列,故被細菌學家和分類學家接受。

基本介紹

  • 中文名:16SrDNA鑑定
  • 外文名:16S ribosomal DNA identification
  • 概念:利用細菌16SrDNA序列測序的方法
  • 步驟:細菌基因組DNA提取
進行鑑定,鑑定步驟,套用,不足,

進行鑑定

1、16S rRNA 普遍存在於原核生物中。rRNA 參與生物蛋白質的合成過程,其功能是任何生物都必不可少的,而且在生物進化的漫長曆程中保持不變,可看作為生物演變的時間鐘。
2、在 16S rRNA 分子中,既含有高度保守的序列區域,又有中度保守和高度變化的序列區域,因而它適用於進化距離不同的各類生物親緣關係的研究。
3、16S rRNA 的相對分子量大小適中,約1 540 個核苷酸,便於序列分析。
4、可變區序列因細菌不同而異,恆定區序列基本保守,所以可利用恆定區序列設計引物,將16S rDNA片段擴增出來,利用可變區序列的差異來對不同菌屬、菌種的細菌進行分類鑑定。

鑑定步驟

1、細菌基因組提取
2、特異引物擴增16SrDNA序列
3、純化PCR產物
4、DNA測序獲得16SrDNA序列
5、與資料庫中已知細菌比較獲得樣品種屬信息
6、選取近似菌種序列,構建系統發育樹

套用

1、對未知樣品進行快速種屬分析
2、為生化鑑定提供指導信息
3、對於難以獲得純培養的細菌,如寄生菌等,使用16SrDNA鑑定是唯一可用的鑑定手段。

不足

1、有的菌種由於種間差異小,單獨依靠16SrDNA鑑定不能鑑定到種。需要其它鑑定方法補充。
2、16SrDNA鑑定是基於PCR的鑑定方法,與其它PCR鑑定方法一樣存在容易污染,獲得假陽性結果,應注意做好陰性對照。

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