鼠疫耶爾森氏菌調節小RNA的篩選、鑑定和初步功能驗證

《鼠疫耶爾森氏菌調節小RNA的篩選、鑑定和初步功能驗證》是依託中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院，由韓延平擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：鼠疫耶爾森氏菌調節小RNA的篩選、鑑定和初步功能驗證
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：韓延平
• 依託單位：中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院

中文摘要

調節小RNA指那些不編碼蛋白質即可調節基因表達或蛋白質活性的一類RNA，其廣泛存在於生物體中，參與多種細胞生理過程。對於病原細菌基因組小RNA的鑑定將有助於圈定致病相關小RNA，進而揭示其在致病過程中的作用。鼠疫耶爾森氏菌是一種烈性病原體，目前研究結果提示調節小RNA與鼠疫菌毒力密切相關。然而，目前對於鼠疫菌小RNA的鑑定仍處於計算機預測階段，缺乏實驗證據。本課題體外模擬鼠疫菌感染過程中可能遇到的多種脅迫環境，分離獲得小片段RNA，利用RNA組學和RNA測序兩種方法，旨在全基因組範圍內鑑定可能的調節小RNA，完善鼠疫菌基因組小RNA注釋,並利用傳統實驗方法驗證部分調節小RNA轉錄本特徵。在此基礎上，挑選部分感興趣的調節小RNA進行初步的功能驗證，圈定重要功能特別是致病相關的調節小RNA。

結題摘要

調節小RNA的鑑定和初步的功能篩選有助於深入開展病原細菌的生理和致病機制方面的研究。鼠疫耶爾森氏菌是烈性傳染病鼠疫的病原體，目前已經證明：RNA結合蛋白Hfq在鼠疫菌體外應激和致病過程中發揮重要作用，提示與Hfq密切相關的小RNA可能參與鼠疫菌生理和致病。本項目選擇提取5種重要模擬條件和感染動物臟器內的鼠疫菌總RNA，以儘可能全面地覆蓋鼠疫菌基因組內的小RNA，並利用cDNA文庫與高通量測序技術相結合，綜合二者優勢，全面鑑定了鼠疫菌小RNA，並使用高通量測序方法測定感染動物內細菌總RNA，成功鑑定出138個小RNA，豐富了鼠疫菌的基因組特別是間區和反義鏈上的基因注釋。此外，利用Northern和RT-PCR等傳統方法，驗證了30個小RNA在不同體外條件下具有不同的轉錄特徵。挑選體外高表達、體內外差異表達或可能調控重要靶標基因的小RNA，以鼠疫菌野生株201為背景，分別敲除其編碼基因，共獲得20個鼠疫菌小RNA缺失突變株，進行生長特性、體外應激和致病性的初步評價，最終獲得了相關8個小RNA，與生理代謝、生物膜形成和/或致病相關，正在作為靶標進行深入的功能調控研究。