黔東南苗族侗族自治州國家氣象系統各級管理機構實行上級氣象主管機構與本級氣象主管機構與本級人民政府雙重領導，以上級氣象主管機構領導為主的管理體制，在上級氣象主管機構和本級人民政府領導下，根據授權承擔本行政區域內氣象工作的氣象工作的政府行政管理職能，依法履行氣象主管機構的各項職責。
一、機構設定及主要職責
黔東南苗族侗族自治州國家氣象系統各級管理機構實行上級氣象主管機構與本級氣象主管機構與本級人民政府雙重領導，以上級氣象主管機構領導為主的管理體制，在上級氣象主管機構和本級人民政府領導下，根據授權承擔黔東南州行政區域內氣象工作的氣象工作的政府行政管理職能，依法履行氣象主管機構的各項職責。
黔東南苗族侗族自治州國家氣象系統各級氣象機構設定如下：
（一）州氣象局
黔東南苗族侗族自治州氣象局履行《中華人民共和國氣象法》、《貴州省氣象條例》和《貴州省省以下國家氣象系統機構改革方案》中賦予地級氣象主管機構的各項職責，機構規格為正處級。
1、局機關
黔東南苗族侗族自治州氣象局內設辦公室（法制科）、業務管理科、人事教育科、計畫財務科4個科（室）。
2、直屬事業單位
黔東南苗族侗族自治州氣象局直屬科級事業單位4個：黔東南苗族侗族自治州氣象台、黔東南苗族侗族自治州人工影響天氣辦公室、黔東南苗族侗族自治州防雷減災辦公室、黔東南苗族侗族自治州氣象科技信息中心。各內設機構及直屬事業單位的主要職責，由黔東南苗族侗族自治州氣象局參照《黔東南苗族侗族自治州氣象管理機構改革方案》及《黔東南苗族侗族自治州氣象事業單位推行聘用契約制工作方案》的職責劃分，結合本地實際具體制定。
（二）縣（市、區）氣象局、站
黔東南苗族侗族自治州氣象局設黎平縣氣象局、從江縣氣象局、榕江縣氣象局、雷山縣氣象局、台江縣氣象局、劍河縣氣象局、三穗縣氣象局、天柱縣氣象局、錦屏縣氣象局、黃平縣氣象局、施秉縣氣象局、鎮遠縣氣象局、岑鞏縣氣象局、丹寨縣氣象局、麻江縣氣象局、凱里市氣象局等16個縣（市、區）氣象局、站。縣級氣象主管機構依法履行黔東南州行政區域氣象主管機構的各項職責並承擔氣象業務、服務工作，機構規格為正科級。其具體職責由黔東南苗族侗族自治州氣象局依照貴州省氣象局下發的《縣（市、區）氣象局主要職責》具體確定。
二、人員編制及領導職數
（一）人員編制
黔東南苗族侗族自治州國家氣象系統人員編制核定為203名。其中：黔東南苗族侗族自治州氣象局機關20名，直屬事業單位41名，縣級氣象局、站142名。各內設管理機構、直屬事業單位及縣級氣象局、站的人員編制數由黔東南苗族侗族自治州氣象局按照《貴州省國家氣象系統崗位設定意見》的規定，結合州氣象系統的實際情況核定，報貴州省氣象局審定。
（二）領導職數
黔東南苗族侗族自治州氣象局設局長1名、副局長2名，黨組紀檢領導幹部按照有關規定配備1名，科級領導幹部職數核定為49名。
貴州省氣象局核定黔東南苗族侗族自治州氣象局編制203名。其中：局機關20名，直屬事業單位41名，縣氣象局、站142名，局（處）級領導職數4名，科級領導幹部職數45名。
