黑龍江省醫療服務管理評價中心的前身是黑龍江省臨床檢驗中心，成立於1988年11月，隸屬於原黑龍江省衛生廳，正處級事業單位，其主要職能為：負責組織全省臨床檢驗質量評價和管理活動。
2008年，依據《黑龍江省衛生廳關於成立黑龍江省醫療機構管理中心的通知》（黑衛人發【2008】254號）檔案加掛 “黑龍江省醫療機構管理評價中心”牌子，在原有職能基礎上，增加：1、負責組織實施黑龍江省醫療機構的發展規劃、管理辦法、服務標準、技術規範和醫務人員執業標準的落實；2、負責組織實施全省醫療機構等級評審的受理、初審、第三方評審的委託事宜；3、組織實施對全省醫療服務質量、安全績效考評標準的落實，評價醫療機構的醫療質量和服務質量；4、負責組織實施全省醫療衛生技術員的專業技術技能培訓；5、負責建立全省醫療質量管理信息網路，對醫療質量實行公開監督；6、負責對全省醫療質量現狀進行分析、研究，提出整改的意見和建議。等等六項職能。
2015年1月，黑龍江省機構編制委員會印發《黑龍江省機構編制委員會關於印發黑龍江省衛生和計畫生育委員會所屬事業單位分類方案的通知》（黑編[2015]19號）檔案，將黑龍江省臨床檢驗中心更名為黑龍江省醫療服務管理評價中心，隸屬於黑龍江省衛生和計畫生育委員會。公益一類，按正處級事業單位管理。主要職責：為省衛生和計畫生育行政部門對全省醫療衛生機構醫療質量評價與監管，以及對醫療衛生機構醫療服務監管等工作提供相關技術服務。檔案規定：中心內設機構6個，均為正科級。事業編制40名，其中管理人員9名、專業技術人員人員30名、工勤人員1名。領導職數：主任（正處級）1職、副主任（副處級）2職，內部機構領導職數正科級6職、副科級6職。經費形式為財政全額事業撥款。
中心內設醫院評審科、考核准入科、臨檢質控科、信息科、綜合辦公室和財務科6個科室。現有職工35人，專業技術人員30人。人員技術結構為：正高職4人；副高職5人；中級8人；初級13人；其他5人。其中醫學及相關專業22人，其他專業 13人。碩士和研究生學歷10人；本科15人；專科及以下10人。
中心辦公地點位於哈爾濱市香坊區農場街30號，黑龍江省公共衛生中心大樓（樓內有省衛生計生委8家直屬單位）的東側8樓、9樓兩層，有辦公和輔助用房18間，另有獨立實驗室3間，房屋總面積1288.57平方米。
