《黏菌代表種的DNA標識區段及遺傳多樣性的研究》是依託南京師範大學，由陳雙林擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：黏菌代表種的DNA標識區段及遺傳多樣性的研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：陳雙林
- 依託單位：南京師範大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
選擇重要的黏菌代表物種，以生物信息學技術分析已知的粘菌序列，根據比對結果確定合適的分子標記作為針對粘菌物種的通用的DNA標識區段，設計引物擴增測序不同供試黏菌物種的DNA標識區段，初步建立黏菌DNA條形碼資料庫，驗證DNA標識區段的準確性和有效性。採集粘菌廣布的代表種的不同地理居群，進行分子標記的引物篩選和擴增條件最佳化，採用ISSR或（和）AFLP進行遺傳多態性研究，通過相似性計算和比較，分析居群間的遺傳分化，根據Shannon多態性信息指數、Nei's基因多樣性指數、多態性位點數（N）、多態性位點百分率（P）、觀測等位基因數（Na）、有效等位基因數（Ne）、基因流指數（Nm）等，分析居群的遺傳結構。根據所掌握的黏菌不同DNA區段的序列或者分子標記，進行相似性係數的聚類分析，從分子水平探討對供試黏菌物種在形態分類學和系統演化上的疑問或爭議的解釋或處理意見。
結題摘要
選擇核糖體轉錄單元內間隔區（ITS）、細胞色素氧化酶基因（COX1）、蛋白質合成延伸因子基因（EF1-α）、肌動蛋白基因（actin）和微管蛋白基因（β-tubulin）作為黏菌DNA barcode備選基因，擴增、克隆和測序獲得了7種黏菌ssu rDNA的9條序列、7種黏菌ITS的8條序列、8種黏菌COX1的8條序列、6種黏菌EF1-α的10條序列、7種黏菌actin的7條序列和7種黏菌β-tubulin的7條序列，所獲得基因序列數量達GenBank中黏菌基因總量的1/3，其中5種黏菌的ssu rDNA序列、7種黏菌的COX1序列、3種黏菌的EF1-α序列、7種黏菌的actin序列、7種黏菌的β-tubulin序列、7種黏菌的β-tubulin基因序列為目前GenBank尚未記錄的黏菌基因的新序列。採用TaxonGap軟體比較了actin、COX1、EF1-α、ITS、ssu rDNA和β-tubulin在黏菌種內和種間的差異，採用MEGA和EXCEL軟體比較了actin、COX1、EF1-α和β-tubulin在黏菌種間和種內的分布頻率與遺傳距離，採用最大似然法（ML）構建了系統發育樹，通過分析，並考慮PCR引物通用性和擴增成功率，最終確定COX1和actin兩個基因作為黏菌的DNA barcode，為建立黏菌的DNA條形碼資料庫奠定基礎。 在黏菌的物種多樣性研究上，確定了西藏黏菌5目8科22屬75種1變種，其中52種1變種為西藏初次記述；青海黏菌為5目8科22屬36種1變種，其中19種為青海初次記述；貴州黏菌有6目9科21屬51種，其中44種為貴州初次記述。葉生鈣絲菌Badhamia foliicola Lister、齒孢團毛菌Trichia crenulata (C. Meyl.) Bull.、格斑雙皮菌Diderma roanense、白鱗鈣絲菌Badhamia iowensis T. Macbr.和紅柄發菌Comatricha erythropodia B. Ing為中國新記錄種。還明確中國熱帶地區現知黏菌為6目13科35屬160種；中國目前已知絨泡菌屬黏菌93種，為世界已知絨泡菌屬物種總數的68.9%；中國目前已知雙皮菌屬黏菌24種，為世界已知雙皮菌屬物種總數的33.3%。
