黃瓜miRNA的預測、鑑定及其在性別分化中的功能研究

《黃瓜miRNA的預測、鑑定及其在性別分化中的功能研究》是依託陝西師範大學，由李廣林擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：黃瓜miRNA的預測、鑑定及其在性別分化中的功能研究
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：李廣林
• 依託單位：陝西師範大學

項目摘要

許多植物的miRNA與花發育的調控有關，並且在玉米中發現miRNA與玉米單性花的性別決定有關。而黃瓜作為研究植物性別分化的一種模式植物，目前國內外對於miRNA是否調控黃瓜性別分化的問題還沒有答案。本項目我們首先使用黃瓜基因組數據，利用生物信息學手段從DNA序列和RNA結構上預測黃瓜中的候選miRNA，之後利用Northern和定量PCR等技術對這些候選的miRNA在轉錄水平進行驗證和表達差異分析，從而在黃瓜中進行miRNA的系統性鑑定和性別分化相關miRNA的篩選；然後對我們新發現的miRNA進行靶標預測和驗證，並整合GO和KEGG等功能基因組學數據分析其調控作用；再後利用比較基因組學，分析miRNA的進化與功能保守性，最終提出黃瓜miRNA在性別分化中的功能。該項目的科學意義在於：黃瓜miRNA的系統性識別和驗證，為今後深入研究黃瓜miRNA在性別分化中的功能，打下了良好的基礎。

結題摘要

許多植物miRNA 與花發育的調控有關，並且在玉米中發現 miRNA 與玉米單性花的性別決定有關。而黃瓜作為研究植物性別分化的一種模式植物，目前國內外對於 miRNA是否調控黃瓜性別分化的問題還沒有答案。本項目我們首先使用黃瓜基因組數據，利用生物信息學手段從 DNA 序列和 RNA 結構上得到252條黃瓜miRNA；之後利用RNA-seq和定量PCR 等技術對這些候選miRNA 在轉錄水平進行驗證和表達差異分析，並得到32條與黃瓜性別分化相關的 miRNA； 靶標分析結果表明，這些miRNA的靶標廣泛參與黃瓜的花發育過程；黃瓜miRNA的進化分析結果表明，miRNA的進化主要受到淨化選擇作用。黃瓜性別分化相關miRNA的鑑定，為今後深入研究黃瓜 miRNA 在性別分化中的功能和進化打下了良好的基礎。