黃獨殺義軍108人,而授韋洞(今鐘山英家桔芬)
巡檢司。萬曆八年(1580),黃主持疏辟思勤江,以利通航。萬曆十三年(1585)又隨軍鎮壓府江地區農民起義,次年被
擢授古眉寨(今仙回)世襲
巡檢司,遂定居仙回,並先後在韋洞、仙回築造城池,設立衙署。萬曆十六年(1588)秋,黃又主持開闢府江險灘事務。其時,黃仲拙已年過花甲,每日仍臨江監督施工。為提高工效,創製了三角船、千斤飛撞、五龍爪和蜈蚣鏟等新型的開江劈石工具。萬曆十八年(1590),府江險灘多已夷平,從而改善了府江的航運條件。是年病故。