亞馬遜河源頭。源出秘魯中部勞里科查(Lauricocha)湖之上的覆雪安地斯山區,距太平洋約160公里(100哩)。向西北流經高3,650米(12,000呎)的向風高原,並在安地斯山脈切出深邃的峽谷。中段通過高地叢林形成一系列無法航行的急灘瀑布。在最壯觀的急灘彭哥·德麻塞里奇(Pongo de Manseriche)後,馬拉尼翁河只比海平面高175米(575呎)。剩下的1,415公里(879哩)河道蜿蜒東流,經過炎熱、人口稀少的雨林區,接納瓦亞加(Huallaga)河。在瑙塔(Nauta)下游與烏卡亞利(Ucayali)河匯流,形成亞馬遜河。