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突然襲擊
1551年，馬來亞半島的局勢再次遭遇風雲突變。雖然柔佛蘇丹已暫時放棄了收復馬六甲的想法，但依然和南方的葡萄牙勢力發生必然衝突。為了富國強兵，蘇丹選擇在靠近新加坡的柔佛河內建造要塞和艦隊。隨即，對任何通過海峽的船隻都課以重稅。
馬六甲圍城戰
馬六甲圍城戰然而，蘇丹穆扎法爾二世卻氣憤地發現，新設定的過路稅不能被強加到馬六甲城的葡萄牙船長頭上。他的新都城和海軍基地本身，也違反了十多年前定下的協定。於是，由於自然而然的心虛和對馬六甲的所有權宣誓需要，柔佛人開始準備起對舊都的反攻計畫。
柔佛蘇丹與爪哇援軍的路線圖出於防備南方的亞齊蘇丹國需要，蘇丹無法將全部兵力都投入馬六甲戰場，但依然有數千名士兵和幾十艘艦船可供支配。為了強化自己的數量優勢，柔佛人在半島上廣結盟友，甚至聯繫了遠在爪哇的傑帕拉國王。隨著大批爪哇武士和艦船的抵達，聯軍已經對缺乏警惕的馬六甲形成包圍之勢。
作為葡萄牙帝國在南洋和整個東方的橋頭堡，當時的馬六甲要塞內被儲存了大量武器彈藥。然而，因為缺乏必要的預警，所以糧食儲備非常稀缺。同時，僅有400人的兵力也是捉襟見肘，不過，他們應當有多於本民族兵力的土著僕從軍。
由於大分部船隻都活躍在航線上，守軍手頭也只幾艘小型划槳船有充分戰備。多餘的2艘卡拉克帆船則狀態不佳。柔佛蘇丹也正式看準了這些弱點，才會有強攻要塞的企圖。
早期歐洲畫冊上的馬來地方武裝在當年的6月底，聯軍艦隊首先在蘇門答臘島的東南部集結。包括150艘南洋本地的蘭查蘭斯船和40艘東亞式帆船，但其中大部分船隻很小。為了麻痹葡萄牙守軍，蘇丹甚至宣布自己準備向西攻打老對手亞齊蘇丹國。然而，在馬來半島上集結的陸軍卻很難逃過眼線。因此，整個馬六甲都預料到大戰將至。為了避免被包圍後孤立無援，擔任城防指揮官的佩德羅-達-席爾瓦也分頭派出2艘小船向外求救。其中1艘沿著馬來半島的西海岸北上，一路經過葡萄牙私人武裝團體常去的緬甸和孟加拉灣。後1艘則沿著東海岸前行，尋找任何去往暹羅、安南、明朝和日本的帆船。
同時，1名柔佛蘇丹的特使也來到馬六甲城，向佩德羅釋放錯誤的信號。為了儘可能減少進攻難度，柔佛人甚至假意邀請葡萄牙人出兵共同對抗亞齊。但馬六甲當局對於地區內的形式把握非常準確，知道這樣的情況幾乎不可能出現。當馬來使節被打發回去，聯軍的進攻便如期而至。柔佛和霹靂州的陸軍從北面包圍城市，爪哇人為主的艦隊則在南面登入。
海峽孤艦
爪哇軍隊是柔佛蘇丹的重要外援由於馬六甲的港口主要位於水位較淺的河口，葡萄牙人的卡拉克大船根本無法進入躲避。守軍不得不將2艘舊船擱淺在港外，作為拱衛河口的木頭城堡。但考慮到士兵和火炮數量的不足，這個計畫還是遭到了很大質疑。當大量的爪哇戰艦開始對2艘船發起圍攻，少量葡萄牙船員便引爆了提前布置好的炸彈，將卡拉克和周圍的小船都炸上天。
扼守馬六甲河與城市入口的葡萄牙要塞
扼守馬六甲河與城市入口的葡萄牙要塞但聯軍的大型戰艦同樣無法在退潮時深入馬六甲河。這些可運載幾十到數百人的南洋大船，也安裝有火炮和大量儲備彈藥，更不敢輕易靠近葡萄牙要塞的火炮射程。針對這種情況，佩德羅也讓人搜羅了一批本地人的小船，並用繩索捆綁在一起，部署在河口位置。這樣，每次遇到漲潮，連成一排的船隻便會隨之浮動起，擋住入侵戰艦的去路。
水道較窄的馬六甲河 很容易被封鎖鑒於最快捷的水路遭到阻擋，柔佛與爪哇人便嘗試進行全面圍困。大批工兵在馬六甲城周圍挖掘圍攻塹壕，並部署了用於轟擊城牆的大型火炮。海軍也在港外布陣，阻止任何船隻向城內輸送物資。蘇丹並不想為勝利而付出過大代價，因此期望以圍困和飢餓來迫使守軍出城投降。多餘的船隻也在馬六甲海峽內來回巡視，準備攔截和抓捕一切他們發現的葡萄牙商船。由於這一操作，原本繁忙的馬六甲海峽也很快沉寂下來。
幾天后，1艘體型中等的帆船闖入海峽，打破了由柔佛-爪哇聯軍創造的寧靜。這是船長加西亞-德-梅內塞斯指揮的卡拉維爾帆船。在進入海峽之前，他們並不清楚馬六甲已遭到圍攻，只是期望以最快速度趕往南洋腹地的摩鹿加群島。由於發現西班牙人違反《托德西利亞斯條約》，不斷從菲律賓深入世界上最大的香料產地，所以加西亞此行的任務是去那裡攻擊任何西班牙船隻。而且為了應付長期孤軍作戰的需要，這艘船在離開母港果阿前已經裝載了大量武器彈藥，並配備了最好的炮手協助。
葡萄牙人的遠洋型艘卡拉維爾船面對突然闖入禁航區的葡萄牙帆船，聯軍迅速做出反應。柔佛蘇丹本人繼續坐鎮圍攻部隊，而來自爪哇的拉克西梅納國王則率領麾下的40艘蘭查蘭斯船趕去抓捕。雖然還沒搞清楚對手是誰，但加西亞已經意識到局勢危機，並下令升起戰旗。恰逢海峽內風力正盛，給了卡拉維爾船以充足的動力。眾多南洋大船的機動力堪憂，無法成功縮小包圍圈，只能在外圍不斷遭到葡萄牙人的艦炮洗禮。由於火炮質量和射手水平問題，爪哇艦隊的圍攻效果很差，逼得拉克西梅納下令自己的旗艦親自出馬。但一發來自卡拉維爾船的炮彈卻正中其所在位置，將他連同自己的兒子和女婿都震入海里，差點喪命。整個爪哇艦隊的士氣都迅速崩潰，只能撤退到邊上的海灘待命。
趁著戰鬥的間隙，加西亞讓自己的船在離開馬六甲要塞還有段距離的地方停泊。城內守軍已經目睹了他的孤軍奮戰，並立刻嘗試將更多士兵派來補充兵力。卡拉維爾船也換上了2門口徑更大的火炮，以便繼續對抗敵人的整個艦隊。之後幾天裡，他都不停的更換錨地，防止自己被大量的馬來戰船圍困。期間還有1艘卡拉克帆船從果阿開入馬六甲海峽，結果立刻遭到柔佛戰艦的攻擊。船長意識到自己將身陷重圍，選擇向著深海逃逸。南洋船與東亞式帆船的的風帆系統落後，又受不了重炮轟擊，只能在追擊一段距離後選擇放棄。他們的友軍也在海峽內繼續同加西亞船長周旋，但除了炮彈和挫敗感外也無法收穫更多。
南洋本地常見的 蘭查蘭斯船
南洋本地常見的 蘭查蘭斯船
戰役後期 陸續有4艘卡拉克帆船抵達馬六甲圍魏救趙
進入7月，有2艘小型的卡拉克帆船從印度趕來，上面滿載著輸送給馬六甲守軍的食物等補給品。聯軍艦隊再次趕往迎擊，期望將補給品截胡。然而，1艘為其護航的卡拉維爾船又再次殺出，將敢於靠近的蘭查蘭斯船擊退。馬六甲的葡萄牙人也因為這些補給而緩解了危機。也因為新來的卡拉克船吃水較淺，成功在馬六甲河口下錨，又大大增強了要塞的海防火力。
幾天后，類似的劇情再次上演。1艘來自摩鹿加群島的卡拉克船和另1艘來自東帝汶的船進入海峽，上面滿載葡萄牙人在當地採購的香料。柔佛蘇丹的艦隊嘗試對笨重的貨運船進行包圍攻擊，但為其護航的卡拉維爾船卻依靠機動性和火力將對方逼退。於是，馬六甲要塞的岸炮周圍，又多了2條可以隨時發炮的戰艦掩護。
靜態防禦下的卡拉克帆船 形同木質堡壘鑒於海上封鎖的連續失敗，柔佛蘇丹只能選擇從陸上發起賭博性質的強攻。雖然重炮在一個月里不斷發射，卻沒有獲得意想當中的效果。進攻者便趕造了大量梯子，準備同時攀爬並不高聳的要塞外牆。佩德羅也趕忙做出針對性部署。在一名參加過義大利戰爭的老兵建議下，下令守軍收集大量多餘的桅桿和木樁，再用齒輪吊起布置在城頭。等到上千名柔佛士兵開始集體攀爬，葡萄牙人就用這些木樁用滑輪迅速拋下。數百名圍攻者在一瞬間被打了下去，腳下的梯子也被同時掀翻。緊接著，守軍將大量點燃的火藥罐子拋下，將已經陷入混亂的馬來人炸得人仰馬翻。後者立刻放棄了強攻，葡萄牙人聲稱這次擊殺了600名敵人。
此後，柔佛蘇丹再次下令進行圍困，期望城中有限的補給品迅速用完。佩德羅也不願意就這樣被活活困死，決心利用手裡的數艘船給自己解圍。於是，葡萄牙人公開加強4艘卡拉克帆船的武裝，並作出要四面出擊的架勢。當柔佛人發現無力阻擋葡萄牙大帆船的行程後，忽然意識到自己的各沿海城市都已陷入了危機。由於馬來亞半島的經濟大都依靠沿海貿易，所以任何地方的損失都會讓蘇丹的威權受到損害。結果，葡萄牙人的炮彈還沒有砸到當地城市，蘇丹和他的各級封臣、盟友們便急匆匆地解除了圍困。由於事發倉促，甚至沒有即時通知在南面海灘邊的爪哇人。
柔佛蘇丹的馬來本土武士次日早上，300名蓄勢待發的葡萄牙士兵悄悄走出要塞。爪哇士兵已經被戰鬥折磨得精疲力盡，大部分人都處於休息狀態。在遭到出城守軍的突然襲擊後，他們依然迅速組織起反抗。但因為缺乏準備，大量的火炮和其他火器都沒有準備好發射，只能以長矛和刀劍拚死一搏。葡萄牙人則在兩翼的火槍枝援下，用集中在中路的長矛方陣擠壓對手，最後完全占據了整片海灘。
按照葡萄牙人的宣稱有2000人被擊殺，其餘人也被迫全部逃到岸邊的艦隊上去。葡萄牙人便縱火焚毀了圍城工事，並將所有的火炮類武器都帶回要塞。
一直到這時為止，爪哇人還沒有下決心放棄。但當晚的風暴來臨，將他們的大分部剩餘力量都摧毀在海上。第二天，葡萄牙人發現只有少量敵人在向南方撤退。他們立刻組織卡拉維爾船和小型划槳船追擊，用炮火禮送對方進入巽他海峽。那些先前離開港口的卡拉克帆船，實際上也並未進攻其他城市。但她們在附近海域守株待兔，伏擊了原本為柔佛等地運送物資的土著商船。在逼迫對方撤軍的同時，也順利帶回了足夠糧食。
出城襲擊爪哇人的葡萄牙守軍至此，這場南洋土著對葡屬馬六甲的反攻就以進攻者的完全失敗而告終。柔佛-爪哇聯軍因為陸戰兩頭的戰事和疾病等原因，損失了數千軍隊。守軍也因為戰損和聯軍向水井投毒導致的疾病等原因損失了200名葡萄牙人，僕從軍損失不詳。
