在利用基因融合所構建的大的酶分子中,用以構成融合蛋白的各個酶分子的整個編碼序列均保留於新的酶分子中,則融合蛋白一般均保留所構成的酶分子各自的酶活性。並且發現在這些新構建的融合蛋白中,蛋白的正確摺疊以及各個酶的活性部位均未受到影響,與單個酶相比,融合蛋白的酶的比活力為50%-100%,該類酶叫做雙功能酶。
對於催化連續反應的兩種或幾種酶, 利用基因融合的方法構成的融合蛋白可產生“ 鄰近效應”。研究發現, β-半乳糖苷酶-半乳糖脫氫酶融合蛋白在一定條件下,其偶聯反應產生 NADH 的速度是同時加入這兩種酶的反應速度的兩倍以上。同時過渡態時間縮短近四倍。