陝西黃河濕地省級自然保護區管理處成立於2000年（原名“渭南市三門峽水禽自然保護區管理處”）。1995年10月24日渭南市政府同意成立“渭南市三門峽庫區水禽自然保護區管理處”。1996年9月陝西省林業廳發文同意將“渭南市三門峽庫區水禽自然保護區”更名為“陝西省渭南市三河濕地自然保護區”。2000年9月，渭南市人民政府決定成立“陝西黃河濕地省級自然保護區”，經2005年陝西省人民政府第20次常務會審議,決定設立“陝西省黃河濕地省級自然保護區”，自然保護區設立時間從2000年12月29日算起（陝政函[2005]152號《陝西省人民政府關於設立陝西省黃河濕地省級自然保護區有關問題的批覆》）。2014年12月，陝西省人民政府對陝西黃河濕地省級自然保護區範圍及功能區區劃調整進行了批覆(陝政函[2014]170號《陝西省人民政府關於調整黃河濕地省級自然保護區範圍及功能區區劃的批覆》)。
陝西黃河濕地省級自然保護區管理處為副處級事業單位，隸屬於渭南市人民政府管理，內設綜合科、業務科，下設峪口、芝川、洽川、北菜園、華原、雨林、港口7個保護管理站。保護區現有職工55人，其中管理處14人，管理站41人；專業技術人員中高級職稱6人，中初級職稱17人。
