限制修飾體制 或 R-M系統)是一種存在於細菌(可能還有其他原核生物)，可保護個體免於外來DNA(如噬菌體)侵入的系統，主要由限制內切酶和甲基化酶組成的二元系統。細菌的限制修飾體制包含三個連鎖基因:(1)hsd R:編碼限制性核酸內切酶(2)hsd M:編碼限制性甲基化酶(3)hsd S:編碼限制性酶和甲基化酶的協同表達
有些細菌體內含有限制酶，可將雙股DNA切斷，之後其他的內切酶再將切下的片段降解，因此能將入侵的外來DNA摧毀;有些病毒則演化出對抗此系統的機制，它們的DNA經過了甲基化或糖基化的修飾，可阻礙限制酶的作用;另外還有一些病毒，如T3及T7噬菌體，則合成出一些可抑制限制酶的蛋白質;而為了進一步對抗病毒，有些細菌演化出專門辨識並切割已修飾DNA的限制體制。
