根據自治區機構編制委員會《關於設立阿拉山口綜合保稅區管理委員會的批覆》（新機編〔2011〕16號）精神，設立阿拉山口綜合保稅區管理委員會（以下簡稱綜保區管委會），機構規格為正縣級，與阿拉山口口岸管理委員會合署辦公，為自治州人民政府的派出機構。
該委員會負責國家、自治區和自治州有關法律、法規和政策在綜合保稅區的貫徹實施，擬定、發布、組織實施綜合保稅區的有關管理規定。
主要職責,內設機構,人員編制,附則,
主要職責
一負責國家、自治區和自治州有關法律、法規和政策在綜合保稅區的貫徹實施，擬定、發布、組織實施綜合保稅區的有關管理規定。
二研究擬定綜合保稅區經濟社會發展計畫和建設發展規劃，經批准後組織實施。
三根據自治州人民政府授權或接受有關部門委託，集中統一行使行政許可、行政處罰等行政管理職權。
四依法接受自治區、自治州有關行政部門的委託，統一管理綜合保稅區規劃、建設、土地、財政、人力資源和社會保障、環保、衛生、安全生產等各項公共管理工作。
五協調海關、檢驗檢疫、鐵路、工商、稅務、質監、外匯等有關查驗單位、管理部門及其他駐區單位的工作和相關事務。
六組織編制產業發展規劃，統籌產業布局，對投資項目和開發建設活動實施管理。
七推進綜合保稅區公共信息平台建設，及時發布公共信息，實現信息資源整合與共享。
八承辦自治州人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，綜保區管委會設4個內設機構（科級）。
一綜合業務局。
負責協調落實上級關於綜保區發展的方針、政策、決定；研究擬訂綜保區相關管理制度，對重大問題進行研究，提出解決對策建議；負責擬訂和組織實施綜保區年度工作計畫；負責文字材料起草、政務信息、文書機要、會議組織、重要活動安排、人事、因公出國（境）人員審查等工作；負責協調綜保區各部門的行政執法工作；負責協調綜保區內海關、檢驗檢疫、外匯、稅務、工商、質檢、金融等部門開展有關業務；圍繞企業進出口貨物通關，組織入區監管和服務單位及部門研究擬訂新的通關流程。
二投資促進局。
負責擬訂綜合保稅區發展規劃、產業規劃及年度經濟發展計畫，並組織實施；負責擬訂和實施綜保區財源建設發展規劃，編制綜保區年度財政收支預決算，監督管理綜保區各項財政性資金和舉債資金使用情況，落實各項財務管理制度；負責綜保區國有資產的經營、管理；負責綜保區企業生產服務、統計等工作，監測分析經濟運行態勢，收集、整理、分析和發布經濟信息；負責編制實施綜保區固定資產投資計畫，開展項目可行性研究、立項申報等管理服務工作；負責綜保區招商引資工作，擬訂相關政策、年度計畫，經批准後實施；負責對外招商引資、宣傳推介活動，策劃推進重大招商項目建設，組織協調區內企業參加國內外招商引資活動。
三規劃建設局。
負責組織綜保區及產業配套區總體規劃、控制性詳細規劃、修建性詳細規劃的編制及各項規劃實施情況的檢查；負責編制綜保區及產業配套區基礎設施和基本建設項目規劃和年度計畫；負責建設工程招投標、預決算審核、安全管理等工作，配合相關部門做好工程竣工驗收；負責綜保區市政、綠化、市容、環衛、供排水、供熱、供電等公用事業管理工作；負責協助環保部門實施建設項目環境影響評價審批、環境監測和監理工作；負責城建檔案資料管理；負責協助依法查處違反規劃管理的行為。
四行政服務中心。
負責綜保區綜合樓管理及後勤服務、固定資產管理工作；負責企業勞動關係監督和勞動者權益保護；負責區內企事業單位安全生產管理工作；協助公安部門做好出入境人員管理；負責黨建、計畫生育、綜合治理、對外宣傳、精神文明、應急管理、群團及其他社會事業等工作；負責對外入口網站日常更新和技術維護。
人員編制
綜保區管委會行政編制9名，其中：領導職數5名（正縣級2名、副縣級3名）；內設機構科級領導職數4名。綜保區管委會領導及其內設機構領導可與口岸管委會領導及其內設機構領導交叉任職，不占綜保區管委會的職數。
附則
本規定由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室負責解釋並對執行情況進行監督檢查和評估，其調整由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
