戰國時期，皇權削弱，各路諸侯大名爭端紛起，戰亂不斷，直到霸主豐臣秀吉的出現，各處爭戰才得以平息，迎來了短暫的和平。但是，好景不長，豐臣秀吉死後，德川家康繼續統治，但政權很不穩定，天下再次大亂。1600年，反叛諸侯原豐臣的家臣石田三成舉兵，直指德川家康，史稱"關原合戰"。德川家康聯合諸路大名，大敗叛軍石田三成。此時，德川家康統一天下似成定局，但是，秀吉的遺子秀賴長大成人後，得到許多有勢力的大名支持，叛軍勢力也逐漸擴大，直接威脅德川的統治，戰亂眼看又要一觸即發……
少女阿墨在這場戰亂中失去了所有的親人，被一個陌生老人收養，並和一群孩子開始接受殘酷的訓練，目的只有一個：成為最強的殺手。這位老人真名叫小幡月齋，他受當權者德川家康身邊高僧南光仿天海的託付，秘密培養頂尖刺客，以便暗殺謀反者，將叛亂扼殺在襁褓之中
十年後，小幡月齋終於訓練出了十名殺手，其中就包括少女阿墨。小幡月齋命令他們開始行動，執行暗殺計畫。十個已被訓練為職業殺手的孩子，充滿了勇氣和鬥志，卻不知等待他們的將是殘酷的命運。在上路之前，小幡月齋命令他們和自己最喜歡的人兩兩分組，等十人分為五組後，再命令組裡的兩人互相拼殺，只能一人生還。阿墨和男孩奈知分在一組，他們之間本來已經有了朦朧的愛情，但二人畢竟難逃宿命的對決，最終阿墨只能忍痛揮劍殺死了奈知。於是，小幡月齋訓練的十位殺手中，只剩下浮葉、日向、天每木、長良和阿墨五個人。
阿墨等人接到的第一個刺殺命令，是暗殺謀反者的領袖，原豐臣手下大名淺野長政，暗殺成功之後，他們奔向第二個目標--大名加藤清正。但是加藤清正身邊的謀士井上勘兵衛，想出影武者（替身）的辦法躲過了阿墨等人的刺殺。謀反集團為了對付阿墨等人的暗殺，也成立了自己的殺手組織：井上勘兵衛選出手下的劍術高手忍者飛猿、偏愛虐殺的最上美女丸，並召集了兇狠的佐敷一心、二齋、三藏三兄弟，也組成了一支五人刺殺隊，直指阿墨五人組。
此時，叛軍原豐臣的力量不斷增強，加之上一屆統治者豐臣秀吉的遺子秀賴也已長大成人，他們認為時機已經成熟，可以東山再起，對德川家康的統治發起最後攻擊。而另一邊，德川家康的勢力也在不斷增加，更需要短期內徹底統一天下，安定民心。為達目的，德川家康的謀士南光仿天海高僧（即是他提出訓練阿墨等殺手）提出，必須組織一個更加龐大的精英殺手集團，而在這10人中，阿墨不僅是唯一的女性，同時也是劍術最高的殺手。
面對無止盡的殺戮，奔波在追殺與被殺之間的少女阿墨，開始懷疑自己血淚以求天下安定的使命，可是，在別人眼裡，她僅僅是一個殘酷的冷血殺手，而少女阿墨，也根本無法從這場宿命的殺戮中逃脫出來……
