2004年5月，經鎮江市編制委員會批准，鎮江市教育系統會計業務代理中心更名為鎮江市教育會計結算中心。市教育會計結算中心為全額撥款事業單位，主要職責是：負責教育局下屬單位預算內外資金和會計業務的結算管理等工作。2005年1月，市教育會計結算中心正式集中核算，即在各學校（單位）資金的支配權、使用權、財務管理自主權不變的情況下，取消主辦會計、出納會計崗位，只設報賬會計，由結算中心採取“大廳辦公、分組核算”的模式，集中辦理會計核算，提供會計服務，進行會計監督。除校辦企業、工會財務以外，市教育局所屬學校（單位）所有財務收支全部納入結算中心集中核算。結算中心建立了中心機房，與財政、銀行、核算單位網際網路，提供網上報賬、預算編制與審核、國庫集中支付及銀行繳費等服務。同時，制定了《鎮江市教育局會計集中核算實施辦法（試行）》、《鎮江市市屬學校（單位）會計核算操作說明》和《鎮江市教育會計結算中心工作細則（試行）》，明確了市教育會計結算中心、核算單位及各會計崗位的職責，規範了操作流程，細化了財務收支管理，公開了服務承諾。
