錨定式聚合酶鏈反應是在目的核酸片段一端人工加上確定的序列，以便用與所加序列互補的引物作擴增的聚合酶鏈反應方法。在實驗中發現，DNA在高溫時也可以發生變性解鏈，當溫度降低後又可以復性成為雙鏈。因此，在生物體外，通過溫度變化控制DNA的變性和復性，並設計引物做啟動子，加入DNA聚合酶、dNTP就可以實現特定基因的體外複製。
模板DNA的來源有三種，可從微生物中或血細胞、絨毛、尿樣、毛髮、精斑、口腔上皮細胞等細胞中提取DNA，也可將固定和包埋的組織標本脫蠟、蛋白酶K消化後提取DNA。模板DNA的濃度常為0.1～2ug/100ul體系。PCR產量隨模板DNA濃度的增加而顯著升高。
