酵母功能互補,是指—種利用酵母突變株克隆基因和研究基因功能的研究方法。其原理是,具有某種營養缺陷型的突變株在缺少該營養的培養基上不能生長,但若將克隆在表達載體上的外源cDNA或表達型cDNA文庫轉化到該突變株中後,如果外源cDNA能夠表達某種與此缺陷型互補的蛋白質,即可恢復該突變株的生長,同時也可篩選到新的cDNA克隆或驗證某外源cDNA的功能。
功能互補研究方法最初是由Davidson和Niswander提出的,並用於從缺少天冬氨酸轉氨甲醯酶的pyrB突變體中成功篩選到倉鼠的天冬氨酸轉氨甲醯酶的cDNA,這一研究方法在獲得編碼所有細胞看家酶的基因上都得到滿意的回答。然而,有些真核細胞的酶需要翻譯後加工,是不能套用異源互補法的。為了解決不能對植物基因進行蛋白翻譯後加工修飾的問題,人們發展套用了酵母突變體的異源互補法。