鄭凌伶

鄭凌伶，女，博士，中山大學生命科學學院副教授、碩士生導師。

基本介紹

• 中文名：鄭凌伶
• 畢業院校：中山大學
• 學位/學歷：博士
• 專業方向：生物化學與分子生物學
• 任職院校：中山大學

研究方向

功能基因組學與生物信息學

非編碼RNA調控網路與重大疾病

高通量測序數據分析與套用

個人經歷

2017.01-至今 中山大學生命科學學院 副教授

2012.07-2016.12 中山大學生命科學學院 講師

2009.09-2012.06 中山大學生命科學學院 生物化學與分子生物學 博士（導師屈良鵠教授）

2006.09-2009.06 中山大學生命科學學院 信息生物學 碩士（導師王珣章教授）

2002.09-2006.06 東北林業大學 計算機系 本科

講授課程

《細胞生物學實驗》（國家精品課程）、《基因組學》、《計算機在生物工程中的套用》、《電腦程式設計語言》

獲獎記錄

2014.2016兩年本科生評教全校排名第一

2015年獲全國高校（生命科學類）微課教學比賽一等獎、教學風采獎

2017年6月獲中山大學青年教師授課大賽理工組二等獎

2014年獲中山大學溫氏傑出青年獎教金

2013-2015年獲IGEM(國際基因工程機器設計大賽)最佳軟體項目獎（Best Software Project）及金獎（Gold）

學術成就

長期致力於利用計算生物學方法研究非編碼RNA的功能及其在重大疾病中作用的研究，在國際雜誌上發表論文23篇，其中影響因子IF＞10的論文8篇；以第一作者或共同第一作者在PNAS、Nucleic Acids Res、Plant Biotechnol J.等國際知名刊物發表研究論文11篇，1篇論文被選為高被引論文，1篇論文被《Science》雜誌評選為”Editor’s Choice”.

擔任PLOS ONE，BMC Biology，Science China Life Science等雜誌的審稿人，主筆撰寫《RNA 研究中的重大科學問題-學科發展戰略系列研究報告》、《非編碼基因生物學研究進展（生物化學與分子生物學學科發展報告）》等。

承擔課題

主持項目：

國家自然科學基金、原生生物miRNA的系統鑑定與起源分析、鄭凌伶（25萬）

國家自然科學基金、tRNA衍生的小RNA在癌症中的表達及其介導的調控網路研究、鄭凌伶（65萬）

參與項目：

國家重點研發計畫、新型長鏈非編碼RNA(lncRNA)-蛋白質機器介導的表觀 、陳月琴（934萬）

國家自然科學基金、Wnt/β-catenin信號通路中microRNA的表達調控及功能研究、屈良鵠（299萬）

國家自然科學基金、自然和人工誘導布氏錐蟲分化的分子機理 、倫照榮（89萬）

國家自然科學基金、基於機器學習的生物醫學大數據挖掘理論與方法研究 、戴道清 （450萬）

國家自然科學基金、植物生殖發育相關的長鏈非編碼RNA功能與調控機制 、陳月琴（290萬）

廣州市科技計畫項目、非編碼RNA基因資源的發掘與利用 、屈良鵠（165萬）

廣州市科技計畫項目、microRNA及其靶向的藍銅蛋白調控水稻產量的作用機制和套用研究 、陳月琴（165萬）

期刊論文

Ling-Ling Zheng,Ke-Ren Zhou,Shun Liu,Ding-Yao Zhang,Ze-Lin Wang,Zhi-Rong Chen,Jian-Hua Yang,Liang-Hu Qu. dreamBase: DNA modification, RNA regulation and protein binding of expressed pseudogenes in human health and disease.Nucleic Acids Res.2017 Oct 20. doi: 10.1093/nar/gkx972.

Ling-Ling Zheng,Kai-Wen Deng, An-Cheng Deng, Jie Wu, Jian-Hua Yang, Zhao-Rong Lun, Liang-Hu Qu. Exo-miRExplorer: A Comprehensive Resource for Exploring and Comparatively Analyzing Exogenous MicroRNAs.Front Microbiol.2017 Feb 1;8:126. doi: 10.3389/fmicb.2017.00126.PubMed PMID: 28203233.

Ling-Ling Zheng,Wei-Lin Xu,Shun Liu,Wen-Ju Sun,Jun-Hao Li, Jie Wu,Jian-Hua Yang, Liang-Hu Qu.tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers.Nucleic Acids Res.2016 May 13. pii: gkw414.

Ling-Ling Zheng,Jun-Hao Li,Jie Wu,Wen-Ju Sun,Shun Liu,Ze-lin Wang, Hui Zhou, Jian-Hua Yang and Liang-Hu Qu.deepBase v2.0: Identification, Expression, Evolution and Function of Small RNAs, LncRNAs and Circular RNAs from Deep-sequencing Data.Nucleic Acids Res.2015 Nov 20. pii: gkv1273.（ESI高被引論文）

Ling-Ling ZhengandLiang-Hu Qu.Application of microRNA gene resources in the improvement of agronomic traits in rice.Plant Biotechnol J.2015 Apr;13(3):329-36.

Ling-Ling Zheng, Yan-Zi Wen, Jian-Hua Yang, Jian-You Liao, Peng Shao, Hui Xu, Hui Zhou, Jun-Zhi Wen, Zhao-Rong Lun, Francisco J AyalaandLiang-Hu Qu.Comparative transcriptome analysis of small noncoding RNAs in different stages ofTrypanosoma brucei.RNA.2013 Jul;19(7):863-75.

Yan-Zi Wen1,Ling-Ling Zheng1（共同第一作者）, Jian-You Liao, Ming-Hui Wang, Yin Wei, Xue-Min Guo, Liang-Hu Qu, Francisco J. Ayala, and Zhao-Rong Lun. Pseudogene-derived small interference RNAs regulate gene expression in AfricanTrypanosoma brucei.Proc Natl Acad Sci U S A.2011 May 17;108(20):8345-50.

被《Science》雜誌評選為”Editor’s Choice”.Science. 2011 May 20; 332:896.

Ling-Ling Zhengand Liang-Hu Qu. Computational RNomics: structure identification and functional prediction of non-coding RNAs in silico.ScienceChina Life Sciences.2010 May.53(5):548-62.

Jun-Hao Li1, SunLiu1,Ling-Ling Zheng1（共同第一作者）,JieWu, Wen-Ju Sun, Ze-Lin Wang, Hui Zhou, Liang-Hu Qu, Jian-Hua Yang.Discovery of Protein-lncRNA Interactions by Integrating Large-Scale CLIP-Seq and RNA-Seq Datasets.Front Bioeng Biotechnol.2015 Jan 14;2:88.

Wei-Lin Xu, Ye Yang, Yi-Dan Wang, Liang-Hu Qu andLing-Ling Zheng（通訊作者）.Computational Approaches to tRNA-Derived Small RNAs.Non-Coding RNA2017, 3(1), 2;

Yan-Zi Wen,Ling-Ling Zheng, Liang-Hu Qu, Francisco J Ayala and Zhao-Rong Lun. Pseudogenes are not pseudo any more[J].RNA Biology.2012, 9(1): 27–32.

Jian-YouLiao, Yan-HuaGuo,Ling-LingZheng,YanLi, Wen-LiXu, Yu-ChanZhang, HuiZhou, Zhao-RongLun, FranciscoAyala,Liang-HuQu,.Both endo-siRNAs and tRNA-derived small RNAs are involved in the differentiation of primitive eukaryoteGiardia lamblia.Proc Natl Acad Sci U S A.2014 Sep 30;111(39):14159-64. Sun Yat Sen Univ, Sch Life Sci, State Key Lab Biocontrol, Guangzhou 510275, Guangdong, Peoples R China.

Zhao-RongLun, De-Hua Lai, Yan-Zi Wen,Ling-Ling Zheng, Ji-LongShen, Ting-Bo Yang, Wen-Liang Zhou, Liang-Hu Qu, Geoff HideandFrancisco J. Ayala. Cancer in the parasitic protozoansTrypanosoma bruceiandToxoplasmagondii.Proc Natl Acad Sci U S A.2015 Jul 21;112(29):8835-42.

Ruo-Hong Lin, De-Hua Lai,Ling-Ling Zheng, Jie Wu, Julius Lukeš, Geoff Hide, Zao-Rong Lun. Analysis of themitochondrial maxicircle ofTrypanosoma lewisi, a neglected human pathogen.Parasit Vectors.2015 Dec 30;8:665.

Yi-JunZhang, Jian-HuaYang, Qiao-SuShi,Ling-LingZheng,JunLiu, HuiZhou, HuiZhang, Liang-HuQu.Rapid Birth-and-Death Evolution of Imprinted snoRNAs in the Prader-Willi Syndrome Locus: Implications for Neural Development in Euarchontoglires.PLoS One.2014 Jun 19;9(6):e100329.

Ke-Ren Zhou, Shun Liu, Wen-Ju Sun,Ling-Ling Zheng, Hui Zhou, Jian-Hua Yang and Liang-Hu Qu.ChIPBase v2.0: decoding transcriptional regulatory networks of non-coding RNAs and protein-coding genes from ChIP-seq data.Nucl. Acids Res.October 23, 2016

Jun-Zhi Wen, Jian-You Liao,Ling-Ling Zheng, Hui Xu, Jian-Hua Yang, Dao-Gang Guan, Si-Min Zhang, Hui Zhou, Liang-Hu Qu. A Contig-Based Strategy for the Genome-Wide Discovery of MicroRNAs without Complete Genome ResourcesPLoS One.2014 Feb 7;9(2):e88179.

Jia-Jia Xuan,Wen-Ju Sun,Peng-Hui Lin,Ke-Ren Zhou,Shun Liu,Ling-Ling Zheng,Liang-Hu Qu,Jian-Hua Yang.RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data.Nucleic Acids Res.2017 Oct 10. doi: 10.1093/nar/gkx934.

Peng Shao, Jian-You Liao, Dao-Gang Guan, Jian-Hua Yang,Ling-Ling Zheng, Qing Jing, Hui Zhou and Liang-Hu Qu. Drastic expression change of transposon-derived piRNA-like RNAs and microRNAs in early stages of chicken embryos implies a role in gastrulation[J].RNA Biology.2012 Feb;9(2):212-27.

Bo-Wei Han, Dan-Dan Feng, Zhi-Gang Li2, Xue-Qun Luo, Hua Zhang, Xiao-Juan Li, Xing-Ju Zhang,Ling-Ling Zheng, Cheng-Wu Zeng, Kang-Yu Lin, Peng Zhang, Ling Xu and Yue-Qin Chen. A set of miRNAs that involve in the pathways ofdrug resistance and leukemic stem-cell differentiation is associated with therisk of relapse and glucocorticoid response in childhood ALL.Hum Mol Genet.2011Dec 15;20(24):4903-15.

主要論著

Ling-Ling Zheng, Jian-You Liao, Yan-Zi Wen, Geoff Hide*, Liang-Hu Qu* and Zhao-Rong Lun*.Different Types of Small RNAs in Protozoa. Springer.2016.(ISBN: 978-3-319-39494-7).

會議論文

Ling-Ling Zheng and Liang-Hu Qu. High-throughput analysis of small RNAs reveals the existence and dramatic changes of ncRNAs during differentTrypanosoma bruceidevelopmentally regulation stages. 2010, The Sixth National Symposium on Ribonucleic Acid (RNA), Guangzhou, China

鄭凌伶，屈良鵠計算RNA組學分析平台在真核生物非編碼RNA及比較轉錄組學研究中的套用.2012，The Seventh National Symposium on Ribonucleic Acid (RNA), Chengdu, China