遺傳系譜法的最早科學依據來自於孟德爾的豌豆實驗——基因遺傳。該實驗奠定了近代遺傳的研究方法，同時也促成了許多關於基因遺傳的定律，包括遺傳病的防控措施。通過遺傳系譜法，可以對生物（主要為植物）進行有利基因的選擇和不利基因的剔除，可將有利基因得到保留，從而得到高效、穩定的植株。該法有點為：效果迅速，效果明顯，有利基因單一選擇性強。如只需剔除個別不利基因或保留有益基因，其成本十分低廉。但如果需要對多個基因進行調整，尤其對非單一染色體基因的調整，則需要選擇大量的植株，費用高，需要年限長，且不利基因難以保證剔除率。
