兩種細胞器一方面受細胞核的控制，另一方面又可以自身完成一小部分遺傳性狀的表達。這就是所謂的遺傳獨立。
細胞，乃至生物的遺傳性狀是由遺傳物質來負責貯存（DNA）和轉錄表達（RNA）的。
DNA大多數貯存在細胞核中。
細胞的遺傳表達是：
1。轉錄酶中完成轉錄，將信息複製到RNA上；
2。RNA由核孔出核，在核糖體上完成相應的蛋白質的合成。
但有少量DNA存在於線粒體和葉綠體中，因此，這兩種細胞器一方面受細胞核的控制，另一方面又可以自身完成一小部分遺傳性狀的表達。這就是所謂的遺傳獨立。
不僅如此，線粒體和葉綠體中還有細胞質基質中除細胞器外的所有物質，甚至可以這樣說，線粒體和葉綠體看上去就像兩個單獨的細胞。而且他們還能進行能量代謝。基於這兩點，有科學家提出，原始的線粒體和葉綠體是兩種同源的細菌，他們被真核細胞吞噬後逐漸同化，成為真核細胞的一部分。這為“為何線粒體和葉綠體會有遺傳獨立現象”這一問題給了一個不錯的答案。
