進化系統學派（Simpson 1961； Mayr 1969）是20世紀三、四十年代在綜合進化理論，即新達爾文主義基礎上發展起來的系統學派。該學派認為生物的多樣化以及種和種上生物單元的起源可以由遺傳機制及自然選擇而得到解釋；判別系統發育關係的標準是基因型相似性，在實際研究中基因型的相似性可以通過特徵的後驗加權從表型上來予以判斷；分類系統與系統發育之間並不要求存在一一對應關係，生物的分類系統不僅應表現生物的譜系關係，也應表現生物的進化階段和進化水平，如生態適應性、進化速率、形態距離等。進化系統學派的主要缺點是沒有明確的、行之有效的工作方法和程式，對於系統發育關係的判斷及分類系統的建立常常依賴研究者個人的經驗及特徵加權，研究結果難以檢驗。
