連雲港市海域使用保護動態管理中心是連雲港市海洋和漁業局直屬單位。
負責開展全市海域使用動態監視監測。負責編制全市海域使用監管工作方案，承擔國家和省級下達的海域使用動態監管任務，確保國家海域使用動態監管系統正常運行，做好動態監視監測系統的管理與維護工作；做好權屬數據錄入、上報工作；正常指導、協調縣區海域使用動態監管工作；負責對全市所有用海項目進行權屬核查和地面監視監測；立、更新和維護我市海域使用信息資料庫；負責組織實施海域使用權抵押、招標、拍賣等工作；對全市的海域資源進行定級分類和價值評估，建立健全海域資源定量評估和管理機制；負責海籍調查測量管理與相關服務。負責制定全市海域相關測繪工作的規劃，編制全市海域測繪相關標準；對全市圍填海工程開展竣工驗收測量工作，並管理全市海域相關測繪數據；組織實施全市宗海相關屬性的調查和勘測；組織實施全市海域申請、變更和海域使用權招標、拍賣等宗海相關屬性調查和勘測；負責海州灣海洋生態與自然遺蹟保護區建設與資源保護管理工作。負責組織編制保護區海洋生態保護規劃、生態功能區劃，承擔資源本底普查、環境保護、統計工作；建立健全海洋保護區管理制度，建立保護設施，開展保護區生態修復；承辦國家級、省級、市級海洋生態保護區項目申報的工作；組織開展保護區宣傳，教育，培訓等交流合作等活動；負責中國對蝦種質資源保護區建設與資源保護管理工作。負責編制種植資源保護區的短期與長期建設規劃；負責保護區內功能區域的劃定，最佳化保護區功能結構；負責保護區域內的生物資源與海洋環境監控，組織實施保護區內中國對蝦種質資源的本底調查，資料收集、整理和保存等工作；負責開展保護區水產種質類別的引進、放流和保護。
