農業部長江中上游漁業生態環境監測中心成立於1985年，由中國水產科學研究院長江水產研究所直接管理，掛靠在長江水產研究所資源與環境保護研究室，是農業部漁業污染事故調查鑑定甲級資質機構。
農業部長江中上游漁業生態環境監測中心長期承擔長江中上游區域重要漁業水域的水生態環境質量的監測、調查和評價，參與制定漁業環境質量和漁業污染事故調查、評價的和相關技術規範和標準的編制，以及漁業生態環境保護、水生態毒理學等領域的相關研究工作，開展污染和非污染項目的水生態環境影響評價，漁業水域污染事故調查和鑑定。目前該中心有16人持農業部頒發的污染事故調查鑑定上崗證（其中專職人員10人，兼職人員6人），持國家環境保護局頒發的環境影響評價上崗證書人員7人。
農業部長江中上游漁業生態環境監測中心建立以來取得了一定的成績，獲得國家、部（委）和院級科技成果獎18項，參與了大量的漁業水域污染事故的調查鑑定工作，為保障漁業水域環境安全和漁業的可持續發展發揮了積極作用。
