農副產品收購效益審計是對農副產品收購的成本效益、經濟效益和社會效益進行的審核、稽查。其主要內容：(1) 收購利潤 (或計畫虧損) 指標的完成情況及其原因，審查購進成本、流通費用、收購調撥零售價格的關係、正常損耗與實際損耗的誤差率。
(2) 農副產品收購信貸資金的使用效率，資金周轉速度是否正常合理，哪些商品難以快進、快調、快銷，原因和責任何在。(3) 預購定金信貸指標分配的合理性和回收的及時性。(4) 分析和比較代購與自購的經濟效益，受託代購者是否有損害生產者利益、中飽私囊的行為。(5) 代購資金的使用情況，積壓現象和積壓原因等。
