1，de-novo構建；de-novo組裝是指在不依賴參考基因組的情況下，將有overlap的reads連線成一個更長的序列，經過不斷的延伸，拼成一個個的contig及scaffold。常用工具包括velvet，trans-ABYSS，Trinity等。
轉錄本重構就是用測序的數據組裝成轉錄本。
有兩種組裝方式：
2，有參考基因組重構。參考基因組重構，是指先將read貼回到基因組上，然後在基因組通過reads覆蓋度，junction位點的信息等得到轉錄本，常用工具包括scripture、cufflinks。
