《轉錄因子DNA結合譜繪製新方法及其套用研究》是依託東南大學，由王進科擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：轉錄因子DNA結合譜繪製新方法及其套用研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：王進科
- 依託單位：東南大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
本研究將傳統指數富集配基系統進化（SELEX）與先進的第三代DNA高通量測序技術相結合，形成SELEX-seq新技術；用該技術高效繪製細胞重編程相關轉錄因子（如Oct4、Sox2、c-Myc、Nanog等）的DNA結合譜（DNA-binding profile，DBP）,並以此指導該類轉錄因子全基因組DNA靶點（TFBS）及靶基因的預測及鑑定，進而構建轉錄因子操縱的基因轉錄調控網路，深度揭示該類轉錄因子操控細胞重編程的分子機理。基本研究路線是：設計合成k-mer隨機序列寡核苷酸，用凝膠遷移實驗或免疫沉澱對寡核苷酸進行SELEX篩選，獲得富集分子，再用DNA高通量測序技術（如Solexa）測定富集分子的序列，根據序列及頻率信息，繪製DBP；通過全基因組的DBP掃描，預測出TFBS及靶基因，進一步大規模實驗鑑定預測的靶基因；最後根據鑑定的靶基因構建細胞重編程轉錄因子操縱的靶基因轉錄調控網路。
結題摘要
本研究將傳統指數富集配基系統進化（SELEX）與先進的第三代DNA高通量測序技術相結合，形成SELEX-seq新技術；用該技術高效繪製細胞重編程相關轉錄因子（如Oct4、Sox2、c-Myc、Nanog等）的DNA結合譜（DNA-binding profile，DBP）,並以此指導該類轉錄因子全基因組DNA靶點（TFBS）及靶基因的預測及鑑定，進而構建轉錄因子操縱的基因轉錄調控網路，深度揭示該類轉錄因子操控細胞重編程的分子機理。基本研究路線是：設計合成k-mer隨機序列寡核苷酸，用凝膠遷移實驗或免疫沉澱對寡核苷酸進行SELEX篩選，獲得富集分子，再用DNA高通量測序技術（如Solexa）測定富集分子的序列，根據序列及頻率信息，繪製DBP；通過全基因組的DBP掃描，預測出TFBS及靶基因，進一步大規模實驗鑑定預測的靶基因；最後根據鑑定的靶基因構建細胞重編程轉錄因子操縱的靶基因轉錄調控網路。
