轉運肽（transit peptide)，是一種12~60個胺基酸殘基的前導序列，它引導在細胞溶質中合成的蛋白質輸入線粒體和葉綠體。這些肽通常富含鹼性胺基酸，但幾乎沒有酸性胺基酸。蘇氨酸和絲氨酸通常很常見。轉運肽識別特殊膜蛋白，但本身不轉移到靶細胞中，而是被肽酶切除。不同轉運肽似乎沒有保守序列。轉運肽是在翻譯後靶向目標的。一些線粒體和質體蛋白沒有這些可切除的N末端序列。靶中的路徑似乎受羧基末端或蛋白質內部序列的影響。轉運肽使若干蛋白質定位於細胞器膜中。之後細胞內蛋白質在葉綠體侶伴蛋白60的幫助下摺疊。
