《輕鬆構建系統發育樹：實用操作方法和理論（第4版）》是2016年高等教育出版社出版的圖書，作者是陳士超、吳曉運。
基本介紹
- 中文名：輕鬆構建系統發育樹：實用操作方法和理論（第4版）
- 作者：陳士超、吳曉運
- 出版社：高等教育出版社
- 出版時間：2016年2月
- 頁數：264 頁
- 定價：50 元
- 開本：16 開
- 裝幀：平裝
- ISBN：9787040439489
內容簡介,教材目錄,
內容簡介
《輕鬆構建系統發育樹：實用操作方法和理論（第4版）》是由陳士超、吳曉運主編，高等教育出版社2016年出版的教材。該教材適合生物信息學、進化生物學、基因組學等相關學科的青年學子作為入門教材閱讀，也可供相關學科的科研人員與教師參考。
教材目錄
前輔文
第1章 前言
全新升級的軟體
什麼是系統發育樹？
構建系統發育樹：基本介紹
擴展內容
學習更多的原理
關於附錄Ⅲ
計算程式簡述以及如何獲得它們
如何感謝軟體作者
《輕鬆構建系統發育樹》配套網站
第2章 構建系統發育樹
為什麼要構建系統發育樹？
關於這個教程
搜尋與你的目標序列相關的序列
判斷哪些相關序列可用於你的系統發育樹分析
下載序列
比對序列
構建一個鄰接（NJ）樹
總結
第3章 獲取序列
搜尋同源序列：什麼樣的序列可以用於構建一個系統樹？
進一步熟悉BLAST 搜尋
使用BLAST 的核苷酸檢索頁面
使用BLAST搜尋相關的蛋白質序列
建樹的最終序列選擇
用其他方式尋找感興趣的序列（注意！風險較高）
第4章 序列聯配
用MUSCLE 軟體聯配序列
檢查和手工調整聯配結果
檢查平均一致度來估測聯配結果的可信度
通過調整MUSCLE 參數設定提升聯配速度
用ClustalW 聯配序列
第5章 構建系統發育樹的主要方法
距離法和基於性狀的方法
你應該用哪一種方法？
第6章 鄰接樹
使用MEGA 5 構建鄰接樹
無根和有根樹
估測系統樹的可靠性
如何處理蛋白質序列？
第7章 繪製系統發育樹
改變系統樹的外觀
為系統樹置根
保存系統樹
說明
第8章 最大簡約法
MP搜尋方法
多個同等簡約樹
最後的分析
第9章 最大似然法
用MEGA 進行最大似然法分析
用自展法估計ML樹的可靠性
如果是蛋白質序列會怎么樣?
第10章 用MrBayes 程式構建貝葉斯樹
MrBayes 概述
用MrBayes 估算樹的一個通用策略
創建執行檔案
如何運行你的MrBayes 分析？
更複雜（更有用）的“mrbayes blocks”
當MrBayes 運行時的螢幕輸出
如果你不能獲取聚合是什麼原因？
蛋白質序列如何處理？
可視化貝葉斯樹
使用FigTree 軟體
第11章 使用不同的計算機平台
命令行程式
Macintosh 平台上運行MEGA 軟體
行結束符問題
安裝命令行程式
命令行程式的運行環境
獲得和安裝MrBayes
運行公用程式
第12章 使用GUIDANCE進行高級聯配
聯配可靠性問題
GUIDANCE 是如何工作的
用SmallData 數據集闡述的例子
GUIDANCE 的套用
第13章 重建祖先序列
用MEGA 的最大似然法重建祖先序列
構建的祖先序列有多準確？
第14章 檢測適應性進化
聯配準確性對於檢測適應性進化的影響
使用MEGA 檢測適應性進化
用codeml 檢測適應性進化
總結
第15章 系統發育網路
為什麼僅用系統樹並不足夠
有根和無根的系統發育網路
用SplitsTree 估算無根的系統發育網路
用Dendroscope 軟體從有根樹構建有根網路
第16章 最後的建議：學習編程
附錄Ⅰ 檔案格式及其相互轉換
格式描述
轉換格式
附錄Ⅱ 其他程式
附錄Ⅲ 常見問題
參考文獻
