軟科學課題研究程式是用軟科學的理論和方法解決社會、經濟、政治、科技、教育、文化等領域中出現的計畫、規劃、政策、體制等問題的順序和步驟。
一般包括以下幾個方面：
1.確定研究目標。只有確定了研究的目標，才能擬定達到目標的各種方案，並在此基礎上進行方案的評詁和優選，以供決策者參考。確定目標要區分“必須達到的目標”和“希望達到的目標”兩類。前者在資源限制方面要有一個上限，在所取得的成果方面必須有一個下限即最低標準，也就是邊界條件。後者則只要表現出相對的需要即可。區分兩類目標，有助於了解方案的可行性大小，並且邊界條件越具體，決策就越有效。
2.蒐集信息。信息大致包括情報和經驗。檢索有關問題的大量統計數據，調查歷史和現狀，了解當事人的具體想法和要求，對一些基本數據如人口、能源、交通、設備、社會環境等編制出簡單的表格和資料，採用現代化預測技術進行預測，徵集專家意見，參考有關經驗教訓，整理出系統的信息資料。
3.方案設計。對情報和經驗加以分析，擬定出初步方案。首先，在大量複雜的因素中，分析其主要矛盾和矛盾的主要方面，找出具有關鍵性作用的因素與參數及其邏輯關係，確定各種變數和參數的變化範圍及極限值，建立相應的物理模型和數學模型;其次是以上述模型和一些非計量化方法所取得的結果為依據，把各種系統分析結果同預測分析結果結合起來，充分考慮方案的可行性、多樣性、層次性和科學性，提出若干種預選方案。
4.方案評估。運用定性、定量、定時的決策分析方法，評詁各種預選方案的近期、中期、遠期效能價值，把方案實施後可行性的結果放在整個社會大系統中考察，一方面要注意定量化的結果，另一方面要注意非計量性因素如環境生態、社會心理及政治影響等多種因素。這一切都是在可行性的基礎上進行邏輯分析的，先於事實，因而評估結果並不是擇優的唯一和最後的根據。
5.方案選擇。對比各種方案的結果，在評估的基礎上再次進行各種方案之間的比較和論證，將方案按優劣順序排列，正確處理目標的現實性與可能性的矛盾，從整體的角度尋求各種矛盾協調的最佳方案，運用辯證唯物主義的立場、觀點和方法以及具體的科學技術，考察在同樣或相近的約束條件下哪一個方案效益最好，以及時效問題和社會問題如何。一般說來，方案評估有兩個可能的結果：或是從各種預選方案中選擇一個最佳方案，或是從各種預選方案中綜合出一個新的方案。
6.方案實施。按照方案選擇的最後結果，把研究的理論成果付諸社會實踐，解決軟科學研究的方案結果與客觀環境的矛盾。一方面遵守方案的要求，另一方面則隨時準備應急措施解決實施中的新問題，儘可能避免或減少由於方案設計的不完善所造成的失誤。
7.反饋調整。迅速而準確地把決策實施過程中出現的問題輸送回研究機構，使研究機構能及時根據情況變化，對決策方案進行調整和修正，使軟科學課題的研究沿著“研究—→執行—→反饋—→修正”的道路作循環運動，使理論研究與客觀對象本身的規律相符合。但對於重大的決策問題要考慮到它的相對穩定性問題，設立穩態極限，當變化指標超出極限時，再對軟科學方案作出修正甚至推翻。
軟科學的課題研究從狹義上講只包括前五個方面即確定目標，蒐集信息，方案設計，方案評估和方案選擇。後兩個方面即方案實施和反饋調整是軟科學課題研究的對象化和深化。軟科學的課題研究從廣義上講包括理論研究和實際套用兩個完整的環節，即以上的七個方面。當然，這七個方面不是機械地前後排列，而是相互聯繫的，它們共同構成軟科學課題研究程式的有機系統。
