軍費審計是指對部隊各項預算支出進行審計，軍費支出審計早在北京政府時期就是審計機關關注的一個重點。1913年陸軍部上報軍費預算2．5億多元。被國務院削減為1．6億多元。此後編制的1913至1914年度財政預算中，陸軍軍費又從1．6億元減至1．1億多元，海軍軍費從101l萬元減至897萬元。借壓縮軍費之際，審計處責令各審計分處加強對軍費支出的審計。如奉天審計分處對奉天陸軍各機關1913年12月前後預算執行情況的審查，表明軍費減支已經落實，都督府(省級最高軍事機關)的經費，執行新預算後平均每月減少0．49萬元。審計處嚴格審計軍費支出，受到以袁世凱為代表的軍方實力派的抵制和阻撓，到審計院時期更難以全面開展了。
