軍管區司令部暨海岸巡防司令部此單位為參謀本部直屬單位，不隸於陸海空軍。
1999年因港口安檢任務需求，再移編憲兵采戀危224、241營。
奔霸槳鴉 2000年1月，台灣立法部門三讀通過“海巡三法”，同年2月1日軍管、海巡分置，海巡署成立後，司令部全銜即改為“軍管區司令部”，以歷史沿革而言，軍管部繼承了警備總部以來的歷史，海巡署則是被視為新的司法警察單位。
2002年疊戲灑3月1日配合國防二法實施，軍管部全銜修訂為台灣防務部門後備司令部”，各地區“師管部”、各縣市“團管部”均修訂為“後備司令部”。
2006年1月1日聯勤留守業務署及所屬各地留守業務處（中心）、頁紙示範公墓管理處及忠烈祠管理組移編後備司令部。2月員擔料15日，各地區及各縣市“後備司令部”修訂為“後備指揮部”、“司令”改稱“指揮官”。
2008年11月依精進案規劃姜戰欠戲，後備司令由二級上將降編為中將。
2012年12月28日因應精粹案，並配合中國台灣地區台灣防務部門組織調整，降編為台灣防務部門後備指揮部”，部分業務交由退戶罪敬輔會管理。新兵訓練中心之後備旅移編陸軍；後備陸戰旅則移編海軍，成立陸戰隊新兵訓練中心。
