贛州市防汛抗旱指揮部辦公室，為市水利局管理的副處級事業單位。主要職責：貫徹執行《中華人民共和國防洪法》、《中華人民共和國防汛條例》及有關法律法規；做好洪旱災害防治工作；組織編制全市防洪、抗旱規劃，指導審批全市各類防汛抗旱預案；掌握汛情、旱情、雨晴、災情等信息，根據防汛抗旱情況，組織有關部門開展會商，提出相應措施意見，為防汛抗旱指揮提供科學依據；負責全市江河、大中型水庫運行的指揮調度；負責編制和審定大中型水利工程汛期運行調度方案，並監督執行；組織開展防汛抗旱工作檢查，組織協調工程搶險和水毀工程修復；指導全市防汛搶險、抗旱服務工作開展，對全市防汛抗旱物資進行監管；指導全市防汛信息化工作有效進行；負責防汛抗旱應急管理工作；負責市防汛抗旱指揮部日常工作；承辦市委、市政府和主管局交辦的其他工作。
